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Charles Xavier est l’un des principaux experts mondiaux des mutants, après avoir découvert qu’il en était un lui-même au cours de son adolescence, l’apparition de ses pouvoirs de télépathe se conjuguant avec la perte de ses cheveux. Devenu adulte, Charles et son épouse, Moira McTaggert, écrivirent à quatre mains un livre sur la médecine post-humaine, traitant les jeunes mutants mis en danger par leurs propres pouvoirs. Leur fils mutant, David Xavier, naquit quelques années après leur mariage mais Charles ne ressentit jamais une réelle proximité avec son fils. Charles partageait en revanche un solide lien avec Erik Lensherr, le premier mutant adulte qu’il avait rencontré. Alors que Charles et son épouse s’éloignaient l’un de l’autre, Charles abandonna sa famille et vint en aide à Lensherr pour fonder sa Confrérie des Mutants à San Francisco, une ville où les mutants persécutaient venaient chercher refuge. Un an plus tard, les deux hommes découvrirent le Pays sauvage, une jungle oubliée, au cœur de l’Océan indien. Dans ce monde tropical perdu, Charles et Lensherr construisirent un havre pour la population croissante de mutants. Pendant un temps, ils y trouvèrent la paix qu’ils recherchaient mais Charles réalisa progressivement que Lensherr, qui se faisait maintenant appeler Magnéto, ne partageait pas son rêve de coexistence pacifique avec l’humanité, convaincu que les mutants étaient appelés à remplacer l’homo sapiens. Quand Charles et ses alliés fuirent la Confrérie après une altercation avec les mutants de Magnéto, celui-ci empala son ancien ami avec un pieu de métal, lui sectionnant la colonne vertébrale.
Xavier réussit à regagner les Etats-Unis et entreprit de s’opposer aux actions terroristes de la Confrérie. Recevant un financement pour une école et un hôpital de mutants par le Club des Damnés, Charles demanda à Moira de s’occuper du second, s’assurant ainsi que son fils David, désormais malade, recevrait un traitement régulier. De son côté, Charles créait l’Institut pour Jeunes Surdoués, à Westchester, dans l’état de New York, utilisant son manoir familial comme école et aussi base secrète pour former de jeunes mutants dans l’usage de leurs pouvoirs pour aider aussi bien les mutants que les humains. A un moment, Charles fréquenta l’une de ses étudiantes adultes, Emma Frost, qui finit par le quitter après s’être opposée à ce qu’elle voyait comme un plan visant à faire de ses étudiants des soldats. Quand le gouvernement lança les Sentinelles robotiques anti-mutants en réaction au terrorisme de la Confrérie, Charles envoya ses nouveaux étudiants, les X-Men, pour sauver les mutants des robots tueurs. Les X-Men sauvèrent la fille du Président kidnappée par la Confrérie, gagnant les faveurs de ce dernier, et encore plus après avoir sauvé Washington D.C. de la destruction et que Charles avait apparemment tué Magnéto. Mais, secrètement, Charles avait épargné la vie de son ancien ami, le rendant amnésique dans l’espoir de son éventuelle réhabilitation.
Quand David Xavier initia une vague d’assassinats, Charles se retrouva incapable de tuer son propre fils et Colossus (Piotr Raspoutine), l’un de ses X-Men, tua lui-même le jeune mutant. Se sentant coupable et en échec total pour avoir abandonné son fils et son étudiant Iceberg (Bobby Drake), envoyé à l’hôpital par David lui-même, Charles faillit dissoudre les X-Men. Mais d’apparents progrès dans la réhabilitation de Magnéto le décidèrent à persévérer. Mais, tragiquement, Magnéto finit par recouvrer la mémoire et reprit son orientation terroriste. Soupçonné de complicité parce qu’il avait dissimulé la vérité sur le sort de Magnéto, Charles fut capturé par les Ultimates et emprisonné dans le Camp Facteur X, à Guantanamo Bay. Libéré ultérieurement lors d’un raid de la Confrérie, il coordonna les efforts pour contenir la fusion d’une centrale nucléaire que Magnéto avait déclenchée, gagnant le pardon du grand public. Les X-Men furent autorisés à continuer leurs interventions, sous la juridiction du SHIELD.
Quelques mois plus tard, Charles fut apparemment tué par un mutant capable de voyager dans le temps, Cable (James Howlett) ; cependant, Cable avait en fait emmené Charles, inconscient, avec lui à son époque d’origine pour le garder prisonnier et obtenir les réponses à plusieurs de ses questions. En parallèle, il utilisa la technologie de son époque pour soigner la colonne vertébrale sectionnée de Charles, lui permettant de marcher de nouveau, afin de le préparer à la venue de la menace appelée Apocalypse. Ensemble, ils revinrent dans le présent, alors qu’Apocalypse venait de se manifester. Xavier tenta de combattre ce dernier mais échoua et n’en réchappa de justesse, grâce à l’intervention de Jean Grey, qui fusionna avec le Phénix avant de vaincre le puissant mutant. Mais, après la victoire des X-Men, elle souligna que les actions de Charles avaient fait perdre une centaine d’années à la cause des mutants et qu’elle attendait de lui qu’il redouble d’efforts en ce sens, avant de remonter le temps avant l’attaque d’Apocalypse pour donner une seconde chance à Charles et aux mutants.
Cependant, peu de temps après, Magnéto lança une terrible attaque contre l’humanité, utilisant le marteau de Thor pour déclencher une série de catastrophes naturelles, comme l’inondation de New York par un raz de marée. Comprenant instantanément qui avait provoqué ces désastres, Charles contacta télépathiquement tous les héros disponibles, leur enjoignant de combiner leurs efforts pour affronter et vaincre Magnéto. Tandis que les X-Men partaient en mission de secours pour retrouver les corps de leurs coéquipiers disparus à New York, Magnéto se rendit à l’Institut, faisant face à Charles. Celui-ci menaça Magnéto, l’avertissant que les héros ne s’arrêteraient pas avant de l’avoir arrêté et qu’il les conduirait lui-même mais Magnéto réagit en utilisant ses pouvoirs pour briser le cou de son ancien ami, le tuant sur le coup.
Comme télépathe, le Professeur X est capable de projeter ses pensées dans les esprits d’autres personnes et de lire les pensées de ces dernières ; il peut localiser la position d’esprits choisis, contrôler les perceptions des tiers et, s’il le souhaite, leur laver le cerveau, faisant de ses victimes des amnésiques Il est aussi un télékinésiste de faible niveau, capable de déplacer les petits objets avec la seule puissance de son esprit. Il est aussi capable de projeter son corps astral, ce qui lui permet de communiquer avec d’autres personnes sur le plan astral.
Charles Xavier est une autorité reconnue dans le domaine des mutations et de la génétique ; il est aussi versé dans la plupart des autres disciplines scientifiques. Avec son ex-épouse, il a développé des thérapies, des traitements chirurgicaux pour aider certains mutants à mieux vivre avec leurs pouvoirs. Il est aussi doté de connaissance en linguistique, ayant élaboré avec Magnéto, une nouvelle langue pour les mutants. Charles est parfois accusé d’utiliser ses pouvoirs pour influencer certaines personnes dans son propre intérêt ; bien qu’il le nie farouchement, il n’est pas au dessus de tentatives de manipulations et de duplicité. D’une certaine manière, il est aussi fanatique que Magnéto. Seule sa conscience l’empêche d’être aussi brutal que le maître du magnétisme dans l’accomplissement de ses objectifs : protéger ses étudiants et aboutir à une coexistence pacifique entre les mutants et les humains.