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Charles Xavier est le fils du chercheur en physique nucléaire Brian Xavier et de son épouse, Sharon Xavier. Les capacités de mutant de Charles firent surface peu après le décès de son père et le remariage de sa mère avec Kurt Marko, un ancien collègue de son défunt époux. Un jour où son beau-père faisait preuve de violences physiques à l’égard de son propre fils, Cain Marko, Charles prit mentalement le contrôle de son beau-père afin qu’il ne lève plus jamais la main sur une autre personne. Au cours des années qui suivirent, Charles employa rarement ses pouvoirs, préférant dissimuler leur existence.
Quelques années après, de plus en plus de mutants commencèrent à apparaître à la surface de la Terre et un homme appelé Magnéto (Erik Lehnsherr) émergea et finit par prendre leur tête. Initialement, Charles hésita à rejoindre Magnéto mais il fut finalement convaincu que la conviction de Magnéto que les mutants devaient hériter de la Terre était correcte. Après avoir sauvé la vie de Magnéto d’un tir de sniper, Charles le rejoignit et devint son plus proche confident, espérant le maintenir sur la voie du bien. Leur première opération fut d’attaquer l’île de Génosha et d’en libérer la population d’esclaves mutants, une opération qui fut couronnée de succès. Cependant, Charles fut sérieusement blessé et perdit l’usage de ses jambes, s’éloignant progressivement de Magnéto, dont les actions devenaient de plus en plus meurtrières. Finalement, quand les Etats-Unis envoyèrent un commando à Génosha pour assassiner Magnéto, Charles tenta d’apaiser un Bucky Barnes en colère, qui finit par le poignarder en pleine poitrine. Après cela, Magnéto fit construire un jardin en mémoire de son ami, y implantant une large stèle sur laquelle il fit grave « il mourut pour que Génosha puisse vivre. »
Plus tard, lors de l’attaque contre Génosha, la Cape (Tyrone Johnson) devait découvrir qu’il n’y avait aucun corps sous le mémorial, laissant supposer que Charles a peut-être simulé sa propre mort et réussi à survivre à ses blessures. Sinon, le sort de son corps demeure inconnu.
Charles Xavier était un mutant possédant de vastes pouvoirs psioniques, faisant de lui l’un des plus puissants télépathe de la Terre. Il peut lire les esprits et projeter ses propres pensées dans les esprits d’autres personnes, sur une portée d’environ 400 kilomètres. Charles peut manipuler psioniquement les esprits d’autres personnes et est aussi capable d’induire une paralysie mentale ou physique en bloquant les fonctions du cerveau, effacer toute ou partie de la mémoire d’un individu jusqu’à une amnésie complète. Il a la capacité de projeter de puissantes décharges d’énergie psionique, lui permettant d’étourdir l’esprit d’un autre individu, ou de le rendre inconscient. Ces décharges ne sont effectives que contre des esprits ; ils n’infligent aucun dégât physique.
Après la conquête de Génosha, Charles Xavier devint paraplégique, se déplaçant en fauteuil roulant.