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L’organisation appelée Orchis commença son existence sous la forme d’une note écrite par Alia Gregor, un agent de l’AIM (Advanced Idea in Mechanics / Ateliers d’Investigations Métascientifiques), peu de temps après l’événement appelé la Décimation. Elle constata que, selon tous les modèles de croissance démographique, les mutants devaient devenir la branche dominante de l’humanité en l’espace d’une génération, mais qu’un événement significatif comme la Décimation, ou la destruction antérieure de la population mutante de Génosha, avait empêché cet avenir et que si la mutanité reformait ultérieurement une nouvelle nation, alors empêcher son expansion nécessiterait une organisation dotée de solides ressources pour déployer les agents nécessaires à sa disposition, avec des prévisions sur le personnel et le matériel qui serait alors nécessaire. Cette note circula discrètement au sein des agences d’espionnage comme une expérience de pensée.
Des années plus tard, la note fut exploitée comme ébauche par le docteur Killian Devo, un agent du STRIKE britannique, après qu’il avait subi un lavage de cerveau par la Sentinelle Oméga (Karima Shapandar) afin d’être convaincu qu’il était originaire d’une ligne temporelle où les mutants dominaient les humains et étaient devenus la principale espèce de la Terre. Formé des rangs du SHIELD, du STRIKE, du SWORD, d’ARMOR, de l’AIM, d’Alpha Flight, du HAMMER, d’Hydra mais aussi de la CIA, du FBI, du Mossad et du FSB, Orchis est une organisation dédiée à une réponse armée au scénario « Apocalypse » conduisant à une extinction quasi-totale de la population d’Homo Superior. Orchis récupéra les restes du Marteau de Sol, une immense station spatiale développée par Tony Stark pour faire face aux Incursions, et l’adapta pour en faire la Forge d’Orchis, un site consacré à la création de la Mère Matrice, destinée à fabriquer des Sentinelles modèle Trask. Ces travaux coïncidèrent avec la réalisation des projections de Gregor lorsque la mutanité put inverser les effets de la Décimation avant de créer une nouvelle nation mutante, Krakoa.
Orchis reçut d’importants financements de la part de budgets secrets ou d’autres organisations défendant la primauté de l’humanité. Peu à peu, Orchis étendit ses opérations en trois domaines : la démographie, les finances et la géographie. De plus, elle fonda également un programme de surveillance afin d’étudier l’influence des mutants en général et de Krakoa en particulier. Dissimulant son existence au grand public, Orchis commença à entrer au capital d’un nombre croissant d’entreprises pour garantir la pérennité de son financement, et donc de ses activités. L’organisation elle-même était composée de six directions stratégiques, avec chacune son propre directeur. Cependant, la fondatrice et véritable cheffe d’Orchis, la Sentinelle Oméga, entretenait un projet différent et totalement secret vis-à-vis de tous les membres de l’organisation ; possédée par l’esprit de la Sentinelle venu de l’avenir, l’extermination des mutants était un moyen d’assurer la suprématie des machines dans l’avenir en leur permettant de triompher aisément de la résistance mutante existant à l’époque d’origine de la Sentinelle.
Un commando composé d’X-Men et conduit par Cyclope (Scott Summers) réussit à détruire la Mère Matrice, mais avec de lourdes pertes de part et d’autre. Malgré le succès de la mission des X-Men, ces derniers furent incapables d’atteindre leur véritable objectif, la destruction des schéma de la Mère Matrice, afin d’empêcher la création de Nimrod. Orchis reconstruisit ses forces et relança son programme de Sentinelles, tout en poursuivant différentes activités, comme l’enlèvement de Légion (David Haller) ou le financement de prêcheurs anti-mutants ou d’un musée mettant en exergue toutes les « atrocités » commises par les mutants. Des agents envoyés par Krakoa s’efforcèrent d’infiltrer et démanteler ces opérations, notamment l’Insertion vénitienne dirigée par Diablo (Kurt Wagner). Après cela, le Dr Alia Gregor poursuivit ses recherches, réussissant à élaborer le premier modèle de Sentinelle Nimrod, y insérant le cerveau de son mari récemment tué. Vers la même époque, Mystique (Raven Darkhölme) avait infiltré la station et comptait y faire exploser une bombe à singularité pour détruire la Forge mais elle fut repérée par Nimrod qui réussit à contenir l’explosion. Cependant, les dégâts causés à Nimrod lui firent totalement perdre la personnalité d’Erasmus ; malgré cette perte, l’achèvement de Nimrod amena Orchis à poursuivre ses efforts pour l’éventuelle guerre entre les humains et les mutants.
Après cela, des agents d’Orchis surveillant les activités des Krakoans découvrirent l’existence de Moira X. Cela déclencha une opération visant à la capturer pour la conduire dans un nodule de la Terre Verde. En parallèle, le Professeur X (Charles Xavier) et Magnéto (Max Eisenhardt) partirent aussi la recherche de Moira, ce qui les amena à faire face aux hommes d’Orchis au Terra Verde. Orchis finança également l’Initiative Héritage, qui œuvrait pour collecter et étudier le gène X ; soutenue par Orchis, l’Initiative fut capable de récupérer les droits légaux sur le gène X de toutes les peuples indigènes vivant au Camp Gazhoo. Leurs néfastes projets de collecte de leurs nouvelles acquisitions furent contrés par un Thunderbird (John Proudstar) récemment ressuscité sur Krakoa et sa grand-mère, Lozen.