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A l’époque contemporaine, Timothy « Dum Dum » Dugan, en tant que directeur spécial du SHIELD, s’inspira des Howling Commandos de la Seconde Guerre mondiale pour organiser une force de combat composée d’êtres surnaturels chargée d’affronter les menaces du même genre et, en hommage à son équipe passée, donna aussi le surnom de Howling Commandos à l’officielle Unité de Lutte contre le Paranormal. Le SHIELD finança leur base, la Zone 13, dans un lieu non identifié des Pine Barrens, dans le New Jersey. L’agence recruta aussi plusieurs monstres ou créatures surnaturelles, leur laissant le choix entre la conscription au sein du SHIELD ou la mise en quarantaine, voire l’emprisonnement ou pire encore.
Les effectifs de ces Howling Commandos varia au fil du temps et des missions mais un noyau d’agents ne tarda pas à émerger : Frank (un clone du Monstre de Frankenstein), l’Homme-Gorille (Ken Hale), la Momie vivante (N’Kantu), la Vampire de nuit (Nina Price), un Zombie anonyme et Vic Marcus, un loup-garou surnommé Warwolf (Vince Marcus) et chargé du commandement du groupe sur le terrain. Le groupe fut complété avec le monstrueux Grogg, lui-même doté de haute technologie afin de servir de moyen de transport pour les Howling Commandos et piloté à distance par l’agent du SHIELD « Buzz » McMahon. Le groupe était dirigé par Dugan, secondé par Bradley Beemer, superviseur technique. Peu après leur création, les Howling Commandos furent envoyés en Afghanistan pour y affrontrer et vaincre un groupe non identifié de terroristes et des membres du culte technologique des Seigneurs de la foudre. A leur retour, les Commandos apprirent que Dugan avait été remplacé par Clay Quatermain, un nouveau chef que les agents trouvèrent bien peu impressionnants par rapport à leur premier chef. Pour sa première mission, Quatermain envoya les Howling Commandos capturer l’extra-terrestre Groot, une mission pour laquelle le groupe fut complété avec le Glob (Joseph Timms).
Peu après, un puissant et ancien magicien, qui affirmait être le Merlin arthurien, s’échappa du centre de détention du SHIELD en Angleterre, l’Entrepôt, où il était retenu prisonnier. Formant une alliance avec Tilesti, un membre du peuple des Fées, et Daimon Hellstrom et les derniers dirigeants en fuite des Seigneurs de la foudre, Merlin lança un sortilège transformant progressivement l’Angleterre en un royaume médiéval et fantastique. La Vampire de nuit et Lilith Drake furent envoyées sur place pour s’infiltrer et espionner les activités de Merlin de l’intérieur. Celui-ci ne tarda pas à attaquer la Zone 13 pour se venger, lâchant une armée de créatures mythiques dans la base. Avec les agents opérationnels dépassés et la base submergée par les envahisseurs, Beemer activa le « protocole panique », libérant tous les détenus de la base, réussissant à renverser le cours de la bataille. Tandis que les Howling Commandos se préparaient à infiltrer le camp de Merlin, Lilith Drake tenta de le trahir mais échoua et fut brûlée vive. Quatermain sollicita alors l’aide de l’Homme-Taupe (Harvey Elder) pour utiliser sa technologie permettant de déplacer des villes. Tandis que l’Homme-Taupe soulevait la ville au-dessus du paysage environnant, les Howling Commandos lancèrent leur assaut. L’Homme-Gorille et Warwolf coincèrent Merlin, mais le magicien se téléporta en sécurité. Le danger écarté, le groupe apprit que Lilith Drake avait survécu et que sa mission avait été d’assassiner Merlin si le reprendre prisonnier s’avérait impossible.
La dissolution du SHIELD avec la nomination d’Osborn à la tête de l’Initiative mit un terme aux activités de l’Unité de Lutte contre le Paranormal. Les nouveaux Howlers furent apparemment abandonnés et plusieurs d’entre eux se réfugièrent dans les égouts de New York ou reprirent leur carrière personnelle. Quelques mois après, après la chute d’Osborn, Phil Coulson constitua sa propre incarnation des Howling Commandos sur le modèle de ceux de Dugan afin de combattre une épidémie mystique transformant les humains en Sans-Âmes de la Dimension noire. A cette fin, il réunit le Monstre de Frankenstein, l’Homme-Chose (Ted Sallis), la Momie vivante (N’Kantu) et le Zombie (Simon Garth), choisit pour leur intelligence limitée qui leur offrait une certaine protection contre l’épidémie. Le quatuor put déposer un signal dans la Dimension noire pour attirer les personnes infectées tandis que le SHIELD affrontait Dormammu. Quand celui-ci fut vaincu avec l’aide du Dr Stephen Strange, les agents du SHIELD regagnèrent la dimension terrestre mais le choc en retour attira les Commandos au cœur de la Dimension noire, dont Coulson promit de les libérer dès que possible. Si les détails de l’opération demeurent inconnues, la présence de ses anciens Commandos sur Terre ultérieurement montre qu’il a tenu sa promesse ou que quelqu’un l’a tenu pour lui.
Par la suite, une branche du SHIELD appelée STAKE, en charge des menaces surnaturelles, reprit le projet des Howling Commandos, réunissant cette fois l’Homme-Chose (Ted Sallis), Hit-Monkey, Jeune Abomination, le Manphibien, Orrgo, la Vampire de nuit et un Jasper Sitwell devenu un zombie. Le groupe se retrouva, en apparence, de nouveau sous les ordres de Dugan mais il s’agissait à présent d’un LMD (Life Model Deoy / Simulacre de Vie Modélisé) à son image et doté de ses souvenirs, un nouveau Warwolf (Martin Reyna) fut chargé de la conduite des opérations des Howling Commandos sur le terrain. Pour leur première mission, le groupe fut de récupérer l’Idole terrestre de Golthana qui avait été volée et emmenée à bord du SS Chaney, où elle provoqua la mutation de l’équipage en monstres végétaux humanoïdes. Si les Commandos connurent le succès en triomphant des membres d’équipage mutés, ils fusionnèrent en une unique et gigantesque forme monstrueuse végétale. L’Homme-Chose dut utiliser son toucher pour brûler le monstre végétal, entraînant la consomption de l’Idole de Golthana par le lien qui unissait les deux.
Puis, le STAKE envoya ensuite les Howling Commandos combattre le Sphinx (Anath-Na Mut) et l’Adversaire, une opération qui s’acheva avec l’intégration de Glyphe (Nadeen Hassan) au sein de leur équipe. Au cours de l’affaire de Pleasant Hill, Paul Kraye, un agent du STAKE, surprit Orrgo en train de fouiller les dossiers du STAKE et en informa Maria Hill, qui décida de l’incarcération du commando au sein de Pleasant Hill. Refusant le choix de Hill, les autres membres du groupe décidèrent d’aller libérer Orrgo ; au cours de l’opération, Kobik renvoya le groupe dans son quartier général par téléportation, où ils découvrirent que Kraye avait libéré pour les monstres détenus dans la base. Les Howling Commandos passèrent aussitôt à l’action et, après une âpre bataille, purent reprendre tous les évadés.