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Dieu de la septième génération des Amatsu-kami, Izanagi fut le premier de son peuple à descendre depuis Ama, le domaine des Amatsu-kami, sur la Terre, franchissant le nœud dimensionnel connu sous le nom d’Ama-No-Hashidtate (le « Pont du Paradis »), où il rencontra Izanami-No-Mikoto (également surnommée « In »), un aspect de la Mère Terre primordiale appelée Gaea. A cette époque, la dimension terrestre était encore un monde sans forme, dominé par un vide primordial et ténébreux, où l’ancienne force de la nature appelée Amatsu-Mikaboshi existait et régnait seul dans un néant éternel. Izanagi et Izanami se tinrent debout sur le Pont du Paradis et plongèrent la Lance aux Joyaux (« Ame-No-Tamaboko ») d’Izanagi dans le vide apparemment illimité, formant les îles de ce qui allait devenir le Japon. Le couple divin descendit vers ces nouvelles masses terrestres et commencèrent à les peupler avec des créatures vivantes ainsi que des Amatsu-kami d’une nouvelle génération, appelés à être vénérés comme des dieux par les habitants du Japon. Le chaos de la vie se perpétuait désormais au sein d’un cycle sans fin, ce qui provoqua la fureur de Mikaboshi, dont l’existence solitaire avait connu une brusque fin. Izanagi développa les terres d’ombres du Yomi pour servir de monde inférieur du Shinto et y relégua Mikaboshi. Lorsque Izanami disparut après avoir donné naissance au dieu du feu Kagutsuchi, Izanagi fut convaincu qu’elle avait péri dans les flammes de leur enfant et descendit au Yomi, espérant l’y retrouver, même si ses tentatives pour retrouver son épouse dans le monde des morts furent autant d’échecs. Désemparé, Izanagi retourna tristement sur l’île céleste d’Onogoro, à Ama, et consacra dès lors son existence à créer et protéger la vie dans le domaine terrestre.
En l’an 1000 de l’ère chrétienne, quand les extra-terrestres appelés les Célestes menacèrent la Terre et ses habitants, Izanagi participa à une réunion du Grand Aréopage pour discuter du danger, même si lui-même doutait que les Célestes représentaient une menace plus grand que les précédents visiteurs extra-terrestres de la Terre. A l’époque moderne, Izanagi offrit une portion de l’énergie vitale des Amatsu-kami à Thor Odinson afin de restaurer les Asgardiens, tués en affrontant les Célestes. Quelques temps après, Izanagi se retrouva parmi les Amatsu-kami qui partirent se cacher quand Mikaboshi mit la main sur l’épée magique appelée Trancherbe, avant de s’échapper du Yomi. Après la défaite de Mikaboshi, Izanagi le ramena dans le monde inférieur – mais il le libéra peu de temps après afin qu’il puisse accompagner une équipe de dieux terrestres sous la conduite de l’Olympien Hercule (Héraklès) pour une mission destinée à détruire préventivement Kly’bn et Sl’gur’t, les dieux des extra-terrestres Skrulls qui prévoyaient d’asservir les panthéons terrestres. Avec le Grand Aréopage, il discuta par la suite de celui qui serait le plus grand héros de l’ère héroïque et il y réconforta Athéna, affaiblie après que Vali Halfling avait éteint la Flamme prométhéenne dont les Olympiens tiraient leur immortalité, avant de regagner Ama. Il fut ensuite attaqué par Mikaboshi, devenu le Roi Chaos, avant que Hercule ne réussisse à piéger le dieu japonais du néant.
Izanagi possède les attributs physiques surhumains conventionnels des dieux du Shinto, même s’il est doté d’une force supérieure à la moyenne des siens, qui lui permet de soulever environ 90 tonnes (au lieu des 20 tonnes habituelles pour les autres Amatsu-kami).
Izanagi est un formidable combattant à mains nues, ainsi qu’un maître dans le maniement des lances.
Izanagi emploie une puissante lance appelée Ame-No-Tamaboko (« la Lance aux Joyaux du Paradis ») au combat. Il canalise souvent ses vastes pouvoirs énergétiques à travers Ame-No-Tamaboko pour obtenir divers résultats, dont l’augmentation de sa force physique et de son endurance, l’enchantement d’êtres vivants ou d’objets inanimés, la projection de décharges énergétiques ou la création de portails interdimensionnels.