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Thoth est le fils de la déesse primordiale de la Terre Gaea, connue sous le nom de Neith parmi les dieux égyptiens, ou l’Ennéade, et du Démiurge, connu comme Noun au sein de l’Ennéade. il y a des millions d’années, lorsque le frère aîné de Thoth, Atûm, combattit l’Ancien Dieu destructeur appelé Set (et connu comme Apep/Apophis chez les dieux égyptiens), Thoth surveilla le cours de leur épique bataille – s’assurant que Set (qui incarnait le chaos) ne submergeait pas complètement Atûm (qui incarnait l’ordre) et vice versa. Sous le nom d’ « Ibis », Thoth fut vénéré durant l’ère hyborienne, de la Némédie à la Stygie. Le sorcier Thoth-Amon et d’autres fidèles de Set chassèrent les prêtres d’Ibis de Stygie, même si ceux-ci finirent par réimplanter leur culte dans un nouveau Temple d’Ibis, le Nid de l’Ibis Sacré, à Messantia, capitale d’Argos. Plus tard, le prêtre Karanthès canalisa les énergies de Thoth à travers le Bâton d’Ibis, renvoyant le démon Jaggta-Noga dans sa dimension inférieure et invoqua plus tard Ibis afin de détruire la citadelle du dieu-sorcier maléfique appelé Zukala.
Par la suite, lorsque Atûm adopta l’aspect de Rê, dieu soleil primordial vénéré par les Egyptiens de l’Antiquité, Thoth devint le dieu primordial de la lune. Comme Amon Rê, Atûm régna sur l’Ogdoade, la première génération des dieux égyptiens, tandis que Thoth servait de médiateur et de grand vizir. L’Ogdoade finit par disparaître et Rê recommença le cycle, engendrant la première génération de l’Ennéade, la nouvelle génération des dieux égyptiens. Bien que Rê ait finit par quitter l’Ennéade pour vivre au cœur du soleil, son fils Shou lui succédant à la tête de l’Ennéade, Thoth, lui, resta avec les jeunes dieux de l’Ennéade, continuant à servir le souverain d’Héliopolis, la cité céleste des dieux. A une époque indéterminée, il épousa la déesse-cobra Sheshat, déesse des bibliothèques qui prit soin des nombreux écrits de Thoth. Celui-ci est aussi réputé, auprès des anciens Egyptiens, être l’inventeur des hiéroglyphes et des mathématiques. Peu à peu, Khonshou usurpa sa position comme dieu de la lune, Thoth se recentrant sur la sagesse, la connaissance et devenant aussi le dieu du temps. Quand le dieu du mal Seth emprisonna le souverain des Hélipolitains Osiris et sa famille au cœur d’une pyramide sur Terre, les gardant prisonniers jusqu’à l’époque moderne, Thoth occupa les fonctions de souverain de l’Héliopolis céleste jusqu’au retour d’Osiris et des siens, après leur libération avec l’aide de Thor Odinson et Odin Borson.
Vers le troisième et quatrième siècles de l’ère chrétienne, le culte des dieux égyptiens déclina face à la montée du monothéisme chrétien et la plupart des dieux d’Héliopolis perdirent leurs adorateurs. Toutefois, Thoth, comme d’autres membres de l’Ennéade, comme Bastet et Ptah, intégrèrent le panthéon des Orisha, devenant les divinités de différents peuples d’Afrique noire, et notamment le Wakanda, où ils continuent à être vénérés à l’époque contemporaine.
Comme fils de Gaea et du Démiurge, Thoth possède des attributs physiques surhumains bien supérieurs à la plupart des autres dieux héliopolitains grâce à sa proche filiation avec les Anciens Dieux et il peut soulever environ 90 tonnes. Il vieillit à un rythme extrêmement lent, possédant une espérance de vie de plusieurs millions d’années, mais il n’est pas complètement immortel, contrairement aux autres dieux de l’Ennéade, qui sont de vrais immortels. Comme la plupart des autres dieux de l’Ennéade, il est un métamorphe et adopte habituellement l’apparence d’un humanoïde avec la tête d’un ibis ou la forme entière d’un ibis ; il emploie aussi régulièrement l’apparence d’un babouin. Il est le plus âgé et le plus sage des dieux encore associés avec l’Ennéade et il a créé de nombreux objets magiques, dont le Bâton d’Ibis et l’Œil d’Ibis, offerts à ses prêtres.
Bien qu’il préfère éviter toute confrontation physique, il est un combattant doué et compétent.
Lorsqu’il doit se battre, Thoth emploie son Sceptre de Guerre.