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Yu Komori était un lycéen studieux, bien que renfermé, habitant à Tokyo auprès de sa veuve de tante. Alors qu’il travaillait sur une expérience faisant appel des éléments radioactifs, il fut mordu par une araignée qui avait été exposée d’une manière ou d’une autre à ses produits. Rendu malade à cause des radiations transmises par la morsure, Yu découvrit rapidement qu’il avait reçu la force proportionnelle de l’araignée et sa capacité à adhérer aux surfaces lors d’une confrontation avec des brutes de son établissement. Intrigué par cette nouvelle situation, il se fabriqua un costume et une paire de lance-toiles après avoir décidé de garder le secret sur ses nouveaux pouvoirs. Au départ, Yu n’avait pas l’intention d’utiliser ses pouvoirs comme héros mais lorsqu’un cyborg électrique – surnommé Electro – initia une vague de crimes, une récompense d’un million de yens fut offerte par les autorités pour la capture du criminel. Espérant utiliser l’argent pour aider son amie d’enfance, dont il était secrètement amoureux, Rumi, à payer les frais médicaux de sa mère, Yu fit face à Electro mais son inexpérience conduisit à sa défaite et Electro s’enfuit, emmenant avec lui plusieurs millions en liquide, tuant le vigile au cours du braquage. Une seconde altercation avec Electro, au cœur d’un central commercial, s’acheva par la mort du scientifique qui avait créé Electro, qui était obligé de voler l’argent dans l’espoir de recouvrer son humanité perdue. Réalisant que la mort du savant le condamnait à rester ainsi, Electro perdit la raison, reprochant cette situation à Spider-Man et jurant de se venger de lui. Lors d’une brève, Yu frappa alors son adversaire de toute sa force, le blessant mortellement et découvrant alors qu’Electro n’était autre que le frère aîné de Rumi. Bien que les médias acclamèrent Spider-Man comme héros pour avoir mit un terme à la menace, Yu se reprochait d’avoir causé la mort de son adversaire, tourmenté par la culpabilité, même si Rumi ne reprocha pas à Spider-Man la mort de son frère.
Ruminant ses remords, Yu se retrouva de nouveau impliqué quand une créature semblable à un lézard géant attaqua le centre de recherches médicales du père de son meilleur ami, Araki. Consultant le Dr Inumaru, un biologiste qui devint l’ami et le mentor de Yu, ce dernier et Araki découvrirent du sang sur le sol du laboratoire du médecin. Peu après cela, les deux jeunes gens furent attaqués par le Lézard, qui kidnappa Araki, amenant de nouveau Yu à se faire des reproches avoir n’avoir pu empêcher son ami d’être capturé. Le père d’Araki ne tarda pas à recevoir une demande de rançon de la part du Lézard, consistant à lui donner les notes concernant une nouvelle formule en train d’être développée. Spider-Man promit de sauver Araki et le père de ce dernier accepta de livrer la rançon. Spider-Man observa de loin et vit le Dr Inumaru venir récupérer celle-ci, comprenant alors que son mentor et le Lézard ne faisaient qu’un. Inumaru détruisit la formule, révélant qu’un an auparavant, le père d’Araki avait tenté de l’assassiner pour bénéficier d’une découverte médicale. Survivant à l’agression, mais abandonné au cœur de la jungle, Inumaru se battit pour survivre, jusqu’à ce qu’il contracte une forme de thérianthropie, apprenant qu’il pouvait désormais adopter l’apparence d’un lézard géant quand il se mettait en colère. Spider-Man sauva Araki des crocodiles d’Inumaru, avant d’ordonner à son ami et à son père de s’enfuir. Quand Yu se révéla incapable de raisonner le Lézard, allant jusqu’à lui révéler sa véritable identité dans l’espoir de l’apaiser, il fut contraint de tuer le Lézard en le projetant au milieu de ses crocodiles. Mais, au dernier instant, le Lézard reprit son apparence, laissant penser qu’au dernier moment, il avait retrouvé une forme de paix intérieure. La trahison et la mort de son mentor perturbèrent encore plus Yu, qui commença à se demander si, la prochaine fois qu’il ferait face à un adversaire, il ne finirait pas par sympathiser avec lui.
Peu de temps après, l’affaire du Lézard, Spider-Man sauva la vie d’un groupe d’hommes poursuivi par un fugitif venu d’Amérique, un lutteur surnommé le Kangourou, qui était déjà recherché pour meurtre. Lors de la traque, le Kangourou causa d’importants ravages dans la ville, qui furent reprochés à Spider-Man. La situation empira encore quand le propriétaire du quotidien Joho, qui avait offert la prime pour la capture d’Electro, décida de lancer une campagne de dénigrement contre le justicier dans l’espoir de combler les pertes induites par le versement. Spider-Man se retrouva bientôt qualifié d’hypocrite assoiffé de publicité et, même après avoir sauvé la vie d’un enfant d’un mouvement incontrôlé de foule déclenché par le Kangourou et versé la prime à plusieurs orphelinats, l’opinion publique demeurait contre lui. Après avoir pris un travail au Joho pour gagner suffisamment d’argent pour traquer le Kangourou, Yu et ses amis furent blessés dans une série d’accidents. Yu apprit du docteur qui le soignait que le criminel recherché avait plongé la ville dans la panique en mettant la main sur une bactérie mortelle. Les accidents responsables des blessures de Yu et de ses amis, et l’émeute qui avait failli les empêcher de recevoir des soins médicaux, étaient le résultat de la fuite des habitants de la ville, redoutant que le Kangourou ne déclenche une épidémie mortelle. Yu, comme Spider-Man, réussit à retrouver le Kangourou et le vaincre, récupérant la bactérie qu’il restitua à la police. Cependant, lors de son combat avec le criminel, les paroles provocantes de ce dernier ébranlèrent la confiance en lui de Yu, qui se mit à redouter de devenir à son tour un criminel et il jeta alors son costume de Spider-Man.
Toutefois, la retraite de Yu fut de courte durée, car un faux Spider-Man apparut bientôt dans la ville, attaquant apparemment les gens de manière aléatoire. Bien que Yu tenta initialement d’ignorer cette situation, l’escalade des crimes dans leur gravité, passant d’agressions, à des vols et bientôt des tentatives de meurtres, le décidèrent à mettre un terme aux activités de l’imposteur, surtout après que Rumi avait été attaquée. Mais à peine eut-il revêtu un nouvel uniforme et commencer la traque du criminel, qu’il fut défié par un individu revendiquant le nom de Mystério, qui promettait de mettre un terme aux crimes de Spider-Man. Ils se firent face sur un pont, devant les yeux de milliers d’habitants. Spider-Man fut battu et humilié par Mystério et, tandis qu’il échappait à la police, un jeune garçon fut blessé. Yu le conduisit immédiatement à l’hôpital, apprenant alors qu’à moins qu’un demi-million de yens ne soit versé pour une opération, le garçon perdrait la vue. Prenant un travail de cascadeur pour collecter cet argent, Yu apprit que l’enfant n’avait jamais été vraiment en danger et que le médecin lui avait menti dans l’espoir de voir Spider-Man se rendre. Mystério apparut alors, déterminé à tuer le héros, mais Yu l’amena à se battre sur le toit d’un train à pleine vitesse, rendant inutile le brouillard produit par Mystério pour perturber le sens d’araignée de Spider-Man. Se débarrassant des autres gadgets de son ennemi, Yu brisa son casque, révélant que Mystério n’était autre que l’imposteur lui-même. Mystério vaincu, Spider-Man vit sa réputation réhabilitée, même si Rumi rompit peu après avec Yu, incapable d’accepter les secrets qu’il gardait pour lui.
La vie de Yu se compliqua encore quand il sauva une jeune femme d’un gang, sous son identité civile. Dans la confusion, Yu fut accusé de faire partie de la bande et se révéla incapable d’expliquer ses actions, sans courir le risque de révéler ses pouvoirs. De plus, il reconnut l’un des assaillants comme l’un des élèves de son lycée, le capitaine de l’équipe de kendo, Mikawa. Même si l’implication de Yu dans l’agression fut démentie par le lycée, la rumeur continuait à circuler et Yu se retrouva bientôt mis en quarantaine par les autres élèves. Concevant un plan pour piéger les vrais agresseurs, Yu rejoignit l’équipe de kendo, battant à lui tout seul chaque membre du groupe, grâce à ses capacités. Il battit même Mikawa lui-même, se moquant du capitaine de l’équipe à chacune de ses défaites, jusqu’à ce que Mikawa se mette en colère, avant de montrer sa lâcheté aux yeux de tous et détruisant lui-même sa propre réputation. Cependant, Yu fut abordé par le frère de la fille qui l’avait accusé, et battu à son tour. Après avoir appris que Rumi avait pris un travail comme serveuse dans une boîte de nuit, Yu fut de nouveau attaqué par la sécurité de l’établissement après avoir enfreint la réglementation sur les clients mineurs, mais, tout en étant éjecté de la boîte, il promit à Rumi de revenir en uniforme, se faisant passer pour le capitaine de l’équipe de kendo aux yeux de la sécurité. Cela amena la direction du lycée à croire que c’était Mikawa qui avait été agressé dans le club, ruinant encore un peu plus sa réputation. Fou de rage, Mikawa tendit un piège à Yu, l’attaquant avec l’équipe entière. Mais Yu put les vaincre tous, avant de les obliger à se confesser de leur agression. Araki, qui s’inquiétait pour son ami, entendit la confession et put soutenir la version de Yu ; mais celui-ci s’aliéna toutefois l’amitié d’Araki quand il refusa de lui révéler l’origine de sa nouvelle force.
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Plus tard, Yu se retrouva, avec son ami, comme otage, quand un vétéran américain devenu psychotique, déclencha une fusillade, qui fit plusieurs morts et blessés, ainsi que le quasi-crash d’un avion de ligne, que Spider-Man réussit malgré tout à empêcher de justesse. Incapable de faire face au stress de ses activités comme Spider-Man, et toujours obsédé par Rumi, Yu fit face à un gang de dealers de drogue, dirigé par un autre élève du lycée, Inumaru (sans lien apparent avec le défunt médecin). Yu succomba au charisme d’Inumaru, se liant d’amitié avec le jeune criminel, tout en refusant de le suivre dans son style de vie de sociopathe. Après avoir empêché les hommes de main d’Inumaru d’agresseur une jeune fille, Yu et la petite amie d’Inumaru furent kidnappés par des yakuzas, rivaux du gang d’Inumaru. Même si Yu fut capable de vaincre leurs kidnappeurs, il ne put empêcher Inumaru de tomber dans une embuscade. Bien que dépassé par le nombre, Inumaru réussit à fuir, tenant même de quitter la ville, mais il fut rattrapé et tué par la police durant sa fuite.
Yu rencontra ensuite une étrange femme qu’il était le seul à pouvoir voir, découvrant qu’elle était responsable de plusieurs étranges décès par congélation. Rendu presque fou par son pouvoir, Yu était sur le point de la tuer avec un couteau quand elle se jeta elle-même du haut d’un point, plutôt de continuer à vivre en portant le poids de la culpabilité des vies qu’elle avait prises. Puis, Yu se retrouva de nouveau prisonnier, cette fois d’un groupe de révolutionnaires qui avait enlevé un haut responsable de la police et un jeune civil. Se libérant de ses liens et sauvant le civil, Yu manqua de peu de tuer le chef des révolutionnaires, se retenant à la dernière minute, ébranlé à l’idée qu’il était capable de tuer un adversaire de sang froid. Quand Rumi fut assassinée par un tueur en série surnommé le Coureur fou, Yu rejoignit les forces de police pour l’attraper. Yu apprit à conduire une moto auprès d’un instructeur appelé Taki Shogo, qui ne tarda pas à se révéler être l’assassin recherché. Lors d’un face à face avec Shogo, Yu attrapa la roue de la voiture de son adversaire, provoquant un crash. Shogo fut tué peu après par un tireur d’élite de la police et Yu peut enfin pleure la mort de Rumi. Après avoir donné son sang à un jeune homme nommé Mitsuo, Yu réalisa que ce dernier développa à son tour ses propres pouvoirs arachnéens. Cependant, amer envers le reste du monde, Mitsuo se laissa emporter par ses nouvelles capacités. Il effectua plusieurs audacieux cambriolages, blessant sévèrement plusieurs policiers, avant de devoir faire face à Spider-Man. Mitsuo mentit à Spider-Man, lui promettant de s’amender mais Yu découvrit bientôt que son uniforme et ses lance-toiles avaient disparu. Naturellement, « Spider-Man » ne tarda pas à attaquer une entreprise de métallurgie qui était responsable de la ruine de la famille de Mitsuo. Yu et Mitsuo se retrouvèrent de nouveau face à face mais Mitsuo menaça la vie de sa propre sœur, Yukiko, dont Yu était, entre temps, tombé amoureux. Mais, les pouvoirs de Mitsuo et sa manière de la menacer rendirent Yukiko folle, et elle supplia Yu de tuer son frère. Mais, quand Yu hésita, Yukiko perdit complètement la raison. Apprenant que Mitsuo avait obligé sa propre sœur à se prostituer, Yu devint plus que jamais déterminé à le vaincre. Durant leur combat, les pouvoirs de Mitsuo s’estompèrent et il fit une chute mortelle depuis le haut d’un toit, trouvant ainsi la mort.
L’établissement de Yu se retrouva son l’influence de Miss Miwa, apparemment une télépathe et nouvelle enseignante, qui poussait les élèves à se blesser eux-mêmes. Yu apprit qu’elle avait tué d’autres personnes auparavant. Plus Yu creusait le passé de Miwa, plus il devint convaincu que ses amis et condisciples avaient peut-être été corrompus, développant une forte paranoïa, où il se sentait incapable d’échapper à la surveillance de l’enseignante, à laquelle il attribua le meurtre du directeur de l’école. Alors que l’école se retrouvait bientôt assiégée par des étudiants en plein délire, Spider-Man fit face à Miwa, qui révéla qu’elle n’avait en fait aucun contrôle sur ses propres pouvoirs. Tandis que l’école était maintenant attaquée par la police, Miwa préféra se suicider en avançant vers les forces de police qui ouvrirent le feu sur elle. Plus tard, Yu fut horrifié quand un homme fut assassiné dans ses bras, littéralement déchiqueté par une bête invisible. Il apprit que le défunt appartenait à un groupe de yakuzas liés à l’industrie de la musique et qu’il avait fait parti d’un gang ayant attaqué une jeune chanteuse qui avait refusé de satisfaire les demandes des yakuzas. Au cours des jours suivants, Yu vit les autres membres du gang attaqués par le tigre invisible, tentant de faire appel à la chanteuse, en vain. Il essaya d’alerter le président de la société de production mais celui-ci refusa de le croire. Terrorisée, la pègre envoya un assassin éliminer la chanteuse. Yu fit face au tueur alors que celui-ci sortait de l’appartement de la chanteuse mais, avant de pouvoir agir, le tigre, plus du tout invisible, attaqua l’assassin et le tua. Yu découvrit la chanteuse agonisante, envisageant de la laisser mourir pour mettre un terme aux meurtres mais, finalement, il compatit à sa situation, l’encourageant de se laisser aller une dernière fois. Le tigre massacra en même le reste du gang de yakuzas et les dirigeants de la société, y compris le président de celle-ci, alors à bord d’un avion. Alors que la chanteuse rendait son dernier souffle, à cause de ses blessures, Yu vit le tigre dans sa chambre, couvert de sang, et comprit que la rage qu’elle ressentait avait conduit à la naissance du tigre, une rage qui se trouvait en chaque individu.
Plus tard, Yu fut recruté au sein de la Spider-Armée, afin de participer à la lutte contre les Héritiers de la Terre-001. Après leur défaite, il regagna vraisemblablement sa réalité d’origine.
Yu Komori possède apparemment les mêmes pouvoirs que le Spider-Man de la Terre-616. Il semble également doté d’une audition, d’une vision et d’un sens de l’odorat améliorés. Il est invulnérable aux balles, même s’il peut être blessé, et saigner, après des coups physiques répétés.
Spider-Man est équipé de lance-toiles semblables à ceux du Spider-Man de la Terre-616.