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Pour certains le plus grand génie scientifique de la Terre, Reed Richards des Quatre Fantastiques fonda le Congrès Singularity, une organisation de penseurs, d’intellectuels, afin d’examiner tous les problèmes auxquels l’humanité devait faire face, afin d’imaginer la direction vers laquelle l’humanité devrait être conduite. Lors du dixième anniversaire du Congrès, un Richards frustré démissionna de Singularity, sentant que le Congrès avait cessé toute pensée d’anticipation. Richards se tourna alors vers l’idée de réunir les plus grands esprits de la génération suivante, les aidant à travailler ensembles afin d’améliorer l’avenir, tandis qu’il leur servirait de professeur et de guide. Ce groupe, baptisé « la Classe spéciale » de la Fondation du futur, fut installé dans le quartier général des Quatre Fantastiques, le Baxter Building de Manhattan, et réunit initialement la fille déjà géniale de Richards, Valeria ; le pupille du chef des FF, simplement appelé 32, avant d’être baptisé Bentley, un clone adolescent non encore corrompu du génie criminel et ennemi des Fantastiques, le Sorcier (né sous le nom de Bentley Wittman) ; deux anciens amis de Franklin Richards, Alex Power, un étudiant doté de pouvoirs de manipulation gravitique par les extra-terrestres appelés Kymelliens et le jeune mutant muet Artie Maddicks, dépossédé de ses pouvoirs mais spécialiste des résolutions de problèmes technologiques ; Korr, Mik et Tong, trois membres de la race subterrienne asservie des Moloïdes et qui avaient été rejetés par leurs congénères parce qu’ils avaient développé une intelligence surhumaine et la faculté de parler suite à une évolution génétique artificielle déclenchée par le Maître de l’évolution, ainsi que leur gardien adulte, Turg, désormais une simple tête dépourvue de corps ; Vil et Wu, pupilles de Susan Richards – la Femme-invisible – et co-héritiers du trône des Ul-Uhari de la Vieille Atlantis, un royaume sous-marin qui survécut secrètement à l’engloutissement de la première Atlantis dans les eaux de l’Océan antarctique ; et l’ancien adversaire des FF appelé l’Homme-Dragon, un androïde amélioré par Valeria Richards et reprogrammé pour être un pacifiste convaincu. Richards recruta également l’ancien Morlock appelé la Sangsue, capable d’annuler les pouvoirs d’autres surhumains et vieil ami de Franklin Richards et d’Artie Maddicks, comptant sur les pouvoirs du Morlock pour empêcher l’émergence des pouvoirs de mutant oméga de Franklin ; d’intelligence normale, la Sangsue et Franklin Richards ne furent pas des participants réguliers des activités de la Classe spéciale.
Peu après que Turg fut installé dans une petite chambre de lévitation et que Maddicks avait reçu un mécanisme lui permettant de reproduire son ancienne capacité de mutant à projeter ses pensées sous forme d’images holographiques, la Classe spéciale commença à se réunir dans la Salle de conférence du bâtiment afin de discuter des problèmes qu’ils seraient capables de résoudre ; finalement, ils décidèrent de soigner la mutation monstrueuse de la Chose (Ben Grimm) comme premier projet, une chose que Richards lui-même avait été incapable de faire au cours de toutes ces années. La Classe mit au point un remède temporaire, permettant à la Chose de retrouver sa forme humaine une semaine chaque année. Durant la semaine où Grimm avait recouvré son apparence humaine, et alors que Reed et Sue Richards étaient en déplacement à l’extérieur du Baxter Building, le conquérant de la Zone négative, Annihilus, et ses troupes, la Vague d’annihilation, tentèrent d’envahir la Terre en franchissant le portail vers la Zone négative construit à l’intérieur du Baxter Building. Les contrôles du portail furent endommagés durant la bataille, la Torche humaine (Johnny Storm) fut obligé de sceller celui-ci depuis la Zone négative, sacrifiant apparemment sa vie pour sauver Grimm et la Classé spéciale, alors que le portail se refermait définitivement.
Après cela, les trois derniers membres des FF (la « Première Famille ») décidèrent de la dissolution des Quatre Fantastiques, renonçant à leurs uniformes traditionnels par respect et hommage envers Storm. La famille reprit la nomenclature de la Fondation du futur (FF), adoptant un uniforme blanc et noir avec un nouvel emblème hexagonal. Respectant les dernières volontés de Storm, la famille proposa la place de la Torche à leur vieil ami Spider-Man (Peter Parker), dont l’expérience éducative et l’intelligence scientifique correspondaient parfaitement aux objectifs de la Fondation du futur d’amélioration du monde et d’éducation de la nouvelle génération au travers de la Classe spéciale ; apparemment sans que première famille ne s’en doute, la Classe spéciale décida que tuer Annihilus deviendrait une priorité pour leur groupe. La Fondation accueillit bientôt le père et voyageur temporel de Reed Richards, Nathaniel Richards, tandis que la première famille affrontait l’AIM (Advanced Idea Mechanics) ; après cela, la Famille et la Classe spéciale combattirent les Sinister Six, des ennemis de Spider-Man. Quand quatre membres du Conseil interdimensionnel des Reeds (une cabale de Reed Richards originaires de différentes réalités alternatives du multivers et dépourvus de scrupules pour mieux se consacrer à l’amélioration à tout prix de la réalité) se retrouvèrent accidentellement sur la Terre-616 à cause de Valeria Richards, ils commencèrent à manipuler les événements dans le but de déclencher une guerre entre quatre anciennes civilisations – dont la Cité éternelle des Moloïdes, la Vieille Atlantis de Vil et Wu (à présent dirigée par Susan Richards elle-même) et une ancienne prison pour surhumains de la Zone négative transformée en cité – afin de mettre en œuvre leur projet de destruction de la réalité de la Terre-616, ce qui leur permettrait de mieux contrôler le destin de la réalité. Averti par sa propre future incarnation adulte, Valeria Richards, avec l’aide de son grand-père, convainquit Reed Richards de laisser la Classe spéciale restaurer l’intelligence du perpétuel ennemi des Quatre Fantastiques, le Dr Fatalis, dont l’esprit avait été abîmé quelques temps auparavant, durant les événements baptisés la Guerre des Hulks, car Valeria et Nathaniel étaient convaincus que son génie était indispensable pour mettre au point un plan susceptible de vaincre le Conseil des Reeds. Ayant retrouvé son génie, Fatalis rejoignit à son tour la Fondation du futur, une perspective inquiétante pour la plupart des membres de la Première Famille et de la Classe spéciale. La FF réunit alors un grand nombre d’adversaires ou de rivaux intellectuels de Reed Richards afin de mettre au point une stratégie contre le Conseil des Reeds et empêcher que n’éclate la Guerre des Quatre Cités que les extradimensionnels comptaient initier : l’alchimiste Diablo, le Penseur fou, le Sorcier, le Maître de l’évolution et deux scientifiques masqués de l’AIM.
En effectuant une des expériences prévues pour s’occuper des quatre membres du Conseil des Reeds, la Fondation du futur se retrouva dans la Vieille Alntis, où ses membres découvrirent l’Homme-Taupe et l’un des Reeds du Conseil en train d’attaquer la cité. Mais, alors que la Fondation s’occupait des autres Reeds, Flèche noire et les Inhumains revinrent sur la lune, y retrouvant les Inhumains universels, récemment découverts par les Quatre Fantastiques ; avec Attilan, la quatrième cité des légendes était désormais en place pour l’ouverture du vaste conflit prévu par les Reeds. Alors que les membres de la Fondation étudiait l’un des marteaux des Dignes, les serviteurs du Serpent, le dieu de la peur d’Asgard, récemment réapparu sur Terre, la Chose s’empara de l’objet, devenant Angir, le Briseur d’âmes. Même si Grimm fut presque tué par Thor, Franklin Richards fut capable d’utiliser ses pouvoirs pour le restaurer et le débarrasser du marteau. Peu après, retrouvant la trace des Reeds, la Fondation porta le combat à la Cité éternelle du Maître de l’évolution, où le « Reed Alpha » s’échappa avec la complicité de Fatalis, pour se rendre en Latvérie, tandis que les deux autres Reeds étaient faits prisonniers par l’armée kree, arrivée en orbite de la Terre, afin de ranimer l’Intelligence suprême pour la remettre à la tête de l’empire suite au départ des Inhumains de la planète Hala. Richards et la Fondation eurent juste le temps de regagner le Baxter Building avant que les Krees ne lancent une offensive contre la ville, conduisant les héros new-yorkais à se réunir. Richards utilisa l’armure d’Iron-Man (Tony Stark) et les pouvoirs de sa femme pour créer un champ de force autour de Manhattan ; c’est alors que le culte de la Zone négative ouvrit le portail vers cette dimension depuis le Baxter Building, en dépit des efforts de Spider-Man. Mais à la surprise des héros comme du culte, ce fut la Torche humaine lui-même qui en émergea, tenant en laisse une version immature d’Annihilus.
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De leur côté, les plus jeunes membres de la Fondation du futur utilisait le système de la Pièce de sécurité pou téléporter le sommet du Baxter Building à proximité du château de Fatalis en Latvérie ; là, ils aidèrent Nathaniel Richards, Kristoff Vernard (le second Dr Fatalis), « Reed Alpha » et le Dr Fatalis lui-même à reconstruire le Pont, un portail interdimensionnel afin que le Reed puisse retourner dans sa réalité. Cependant, les Célestes fous, ennemis du Conseil des Reeds, profitèrent de l’occasion pour tenter de pénétrer sur la Terre-616 ; le Dr Fatalis et « Reed Alpha » tentèrent de les arrêter mais le second fut tué en employant l’Anéantisseur ultime tandis que le premier était apparemment désintégré par les Célestes eux-mêmes. Pendant ce temps à New York, Storm réunissait ses coéquipiers en formant le symbolique « 4 » dans le ciel, expliquant qu’Annihilus l’avait maintenu en vie en implantant des insectoïdes dans son corps. Mr Fantastic, la Femme-invisible, la Chose et Spider-Man montèrent à bord d’un des vaisseaux de la Vague d’annihilation, à présent commandée par le Torche, qui utilisa le reste de la flotte pour disperser l’armée des Krees jusqu’à ce que les Inhumains leur demandent de cesser le combat afin de prendre eux-mêmes les choses en main. Reed et Sue Richards réussirent alors à faire appel à Galactus qui détruisit totalement le reste de la flotte des Krees. Cependant, c’est le moment que choisirent les Célestes fous pour se matérialiser dans l’univers de la Terre-616, apparemment pour la détruire. Bien que la Fondation essaya d’utiliser l’Enclume, une arme de destruction massive conçue par les Reeds, elle ne put vaincre les Célestes fous, qui venaient de terrasser Galactus lui-même. Mais alors, des versions futures et adultes de Franklin et Valeria Richards apparurent sur place, dernier élément du plan de Nathaniel Richards. Le Franklin du futur utilisa sa puissance pour soigner Galactus et détruire les Célestes fous, sauvant la situation en quelques instants. Suite au retour de la Torche, les Quatre Fantastiques originels se reformèrent tandis que Reed Richards confiait de nouveaux uniformes aux autres membres de la Fondation, qui reçurent aussi un second quartier général, la Fondation. Quand la Fondation du futur se rendit peu après en Afrique, elle séjourna quelques temps au Wakanda, où Valeria Richards rencontra la fille d’un ingénieur, prénommée Onome, qui fut bientôt recrutée à son tour au sein de la Fondation et accompagna le groupe aux Etats-Unis lors de son départ.
Quelques semaines plus tard, les Quatre Fantastiques, Franklin et Valeria Richards s’embarquèrent pour un voyage dans l’espace et le temps et Reed Richards confia les rênes de la Fondation à Scott Lang, alias Ant-Man et ancien membre des FF. Son équipe de direction fut complétée de Miss Hulk, de la reine des Inhumains Médusa – toutes deux d’anciennes membres des FF – et de Darla Deering, alias Miss Chose et petite amie de la Torche humaine. Richards promit à Lang qu’il s’agissait d’une pure mesure de sécurité car les Quatre Fantastiques ne devraient être réellement partis que quatre minutes ; cependant, le temps écoulé, le quatuor et les enfants ne réapparurent, obligeant Lang et ses coéquipières à prendre en charge l’éducation des autres membres de la Fondation du futur.
Chaque membre de la Fondation possède son propre nombre sur son uniforme. Les membres des Quatre Fantastiques d’origine possèdent tous un « 4 » ; Franklin (et donc sa version future) a le « 5 » ; sa sœur Valeria (et aussi sa version future naturellement) dispose du « 6 » ; Alex Power a le « 7 » tandis que la Sangsue et Artie Maddicks correspondent, respectivement, au « 8 » et au « 9 ». Les Moloïdes Mik, Tong et Turg se sont vu attribuer les numéros « 10 », « 11 » et « 12 » ; Bentley a le « 13 » ; Vil et Wu sont les « 14 » et « 15 » et Onome a le « 17 », laissant suppose que l’Homme-Dragon a le « 16 ». Seul Spider-man n’a pas reçu de numéro au sein de la Fondation du futur.