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La jeune mutante Alisa Tager alias Cipher fut découverte par l’X-Woman Jean Grey lors d’une émeute touchant le quartier New Yorkais de Mutant Town. Jean Grey et son époux Cyclope (Scott Summers) accueillirent la jeune mutante à l’institut Xavier mais à sa demande, ils acceptèrent de ne pas révéler sa présence aux autres étudiants et résidents de l’institut. Cyclope surnomma la jeune fille Cipher et la décrivit comme une X-Man en formation chargée de la surveillance de l’institut Xavier. Cacher sa présence fut facile pour Alisa, la jeune fille ayant la faculté de pouvoir se rendre indétectable physiquement et psioniquement. Cependant, la jeune fille s’autorisa des contacts réguliers avec la jeune mutante télépathe Ruth Aldine, alias Blindfold. Elle aida notamment cette dernière à se protéger d’une attaque contre le Fauve lorsque la dangereuse Cassandra Nova parvint à atteindre les X-Men par télépathie depuis le corps extraterrestre qui lui servait de prison.
La destruction de l’institut Xavier délivra un jeune mutant, Jonas Graymalkin, enterré vif en dessous par son père deux siècles auparavant après que ce dernier ait découvert l’homosexualité de son fils. Cipher, restée à l’institut détruit par une Sentinelle, rassura le jeune homme et l’aida à sortir des décombres. Les deux jeunes mutants furent alors le témoin de la formation et de l’entrainement des Jeunes X-Men par un Donald Pierce se faisant passer pour Cyclope. Cipher et Graymalkin décidèrent de ne pas intervenir tout de suite et de tenter d’aider discrètement les jeunes héros. Pierce ordonna aux Jeunes X-Men de capturer les anciens membres des Nouveaux Mutants. Cipher, toujours invisible, assista alors à l’enlèvement de Danielle Moonstar par Blindfold et Ink (Eric Gitter). De retour à l’institut, Cipher poussa Graymalkin à attaquer Pierce et délivrer une autre captive des Jeunes X-Men : Magma (Amara Aquilla). Pierce parvint cependant à s’échapper. Graymalkin et Magma s’allièrent alors à la jeune Dust (Sooraya Qadir) et ensemble ils se rendirent à New York à bord d’un X-Jet pour empêcher la capture de Rocket (Samuel Guthrie) et de Solar (Roberto DaCosta) par les autres Jeunes X-Men Les jeunes héros s’allièrent alors aux Nouveaux Mutants et vainquirent Pierce.
Les Jeunes X-Men et les Nouveaux Mutants s’installèrent ensuite au nouveau quartier général des X-Men : Graymalkin Industries, à San Francisco en Californie. Cipher les suivit, toujours invisible et indétectable, pour reprendre son rôle de surveillance. Finalement, Cipher décida de révéler sa présence à Ink, pour lui demander de partir à la rescousse des Jeunes X-Men, attaqués par les Y-Men, des surhommes créés par le tatoueur mutant Léon Nuñez. Elle le conduisit chez Nuñez pour qu’il lui donne de nouveaux pouvoirs grâce auxquels il vainquit les Y-Men et sauva les Jeunes X-Men. Cipher révéla alors sa présence à tous les résidents de Graymalkin Industries et intégra pleinement l’équipe des Jeunes X-Men. Elle aida à préparer le corps de Dust après qu’elle succomba à la dégradation cellulaire dont elle souffrait depuis quelques jours. Mais finalement, Dust fut ressuscitée par Ink. Après quoi, elle participa à l’affrontement des Jeunes X-Men contre le Néo sur le Golden Gate Bridge de San Francisco.
Lors des émeutes de mutants dans la ville de San Francisco en réaction à la proposition X, une proposition de loi visant au contrôle des naissances de mutants, Cipher aida Colossus (Piotr Raspoutine) et Surge (Noriko Ashida) à maintenir le calme. Mais le trio fut attaqué par le Spiderman (MacGargan) des Vengeurs de Norman Osborn. Colossus affronta seul le criminel, laissant les deux jeunes filles s’échapper.
Finalement, les X-Men relocalisèrent leur base sur l’île d’Utopia, au large de San Francisco, où Cipher et les autres Jeunes X-Men les suivirent.
Lors de la séparation des X-Men en deux groupes, le premier dirigé par Cyclope et restant sur Utopia, et le second retournant avec Wolverine à Salem Center, Cipher décide de le suivre et de s'inscrire à la nouvelle école Jean Grey pour jeunes surdoués.
Alisa Tager possède la force normale d’une jeune fille de son âge et de sa constitution engagée dans un exercice physique régulier intense.
Cipher est une mutante capable de se rendre invisible et indétectable à la fois à la vue mais aussi à la télépathie. Elle peut cependant se rendre détectable à télépathie de sa propre initiative sans pour autant se rendre visible. Lorsqu’elle est invisible, elle peut se rendre complètement silencieuse où ne faire parvenir sa voix qu’aux personnes de son choix.
Cipher est aussi capable de phaser à travers la matière solide. Ce faisant, elle peut rendre l’objet solide qu’elle touche aussi intangible qu’elle. Dans cet état, elle est capable de léviter et de « marcher » sur l’air. Ce qui lui permet de prendre de l’altitude ou d’en redescendre. Elle est aussi capable de générer une charge bioélectrique à travers les personnes qu’elle phase.
Cipher est une remarquable espionne capable de s’infiltrer à peu près n’importe où. Elle a été entrainée au combat par les X-Men et est capable de conduire les X-Jets.