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L'Arme X fut créée afin d'être la premiére unité anti-terroriste du S.H.I.E.L.D. Quelques décennies plus tard Arme X était devenu le nom de code l'agent mutant Wolverine, sous le contrôle du Colonel John Wraith, il fut utilisé comme une arme vivante, gardé dans une cage quand non utilisé. Le concept du kidnapping et de la déshumanisation des mutants se répandit, et l'Arme X devint le nom du projet tout entier, forte d'une équipe de 250 hommes.
Wraith, agissant largement de maniére autonome par rapport à son supérieur du S.H.I.E.L.D, le général Ross, prenait un sadique plaisir à torturer ses prisonniers. Quelques années aprés, Wolverine s'échappa aidé par Nick Fury, qui avait été sauvé par Wolverine des années auparavant. Wolverine dût échapper de nombreuses fois à ses poursuivants, dont une fois à Dent de Sabre et deux agents à New York, mais il put compter sur l'aide de Spider-Man. Wraith tenda plus tard une embuscade à Wolverine à l'aeroport JFK, mais Wolverine fut secouru par les X-Men. Wolverine laissa Wraith avec des griffures sur le visage lors de leur derniére rencontre, et il l'aurait tué si Marvel Girl ne l'aurait pas arrêter.
L'Arme X continua de "recruter" de nouveaux agents, incluant Diablo, Malicia et le Fléau afin de remplacer ceux perdus dans une mission en Bosnie et dans les autres parties du monde. Bien que les X-Men devinrent des héros nationals, l'Arme X envahissa leur maison et les kidnappérent tous, à l'exception de Wolverine qui était absent. L'Arme X tortura et entraîna les X-Men, les contrôlant avec des implants neuraux. Aprés que Nick Fury fut capturé durant une mission en Inde, le Général Ross ordonna à Wraith d'envoyer l'Arme X pour secourir Nick Fury et mettre fin au programme génétique Indien, les X-Men réussirent avec succés les deux missions, mais Wraith força Marvel Girl à tuer un scientifique Indien. Ross fut horrifié en apprenant l'enlévement des X-Men, et décida de dissoudre l'Arme X. Ayant vent de cela, Wraith tenta de l'assassiner, plannifiant de prendre le contrôle du S.H.I.E.L.D.
Wolverine se laissa capturer, menant la Confrérie des Mutants dans la base de l'Arme X. Avec la libération des X-Men, Wraith tenta de s'enfuir, mais Tornade fit crasher son hélicoptére; ne désirant pas qu'elle devienne une meurtriére, Diablo sauva Wraith de l'explosion. Ingrat, Wraith tenta de tuer son sauveur, mais fut tué en premier par Nick Fury, qui, appelé par Wolverine était arrivé à temps avec une contingent d'agents du S.H.I.E.L.D pour mettre fin à l'Arme X.
Bien que démantelé, des éléments du Projet Arme X continuérent de prendre Wolverine pour cible, supporté par des hommes politiques effrayé par la domination mutante. Une équipe mené par Tara, une femme qui affirmé être l'épouse de Wolverine, le pourchassa à travers New York, combattant également Spider-Man et Daredevil. Wolverine et les X-Men le poursuivirent ensuite jusqu'à leur base, mais, abandonné par ses supports politiques, Tara tua son équipe et préféra se suicider plûtot que de se laisser capturer.
Plus récemment, Dr. Cornélius tenta de tuer Wolverine, transformant l'adolescente paralysée Yuriko Oyama en la cyborg Deathstrike. Elle combatta Tornade et Wolverine dans un coin reculé du Canada. Quand elle prit l'avantage, les agents de l'Arme X et Cornelius se déplacérent pour voir le combat, mais Tornade et Wolverine firent crasher leur hélicoptére. Néanmoins, d'autres têtes de l'Arme X devrait continuer à apparaître.