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Tandis que Tony Stark (Iron-Man) constituait l’Initiative des 50 états, basée au Camp Hammond, à Stamford, Henry Peter Gyrich, agent de liaison avec le gouvernement fédéral, organisa secrètement une équipe placée directement sous ses ordres, et répondant au nom d’Initiative de l’ombre. Cette équipe allait être chargée d’accomplir les opérations secrètes désirées par les autorités, en dehors de toute concertation avec Stark et ses partisans. Le groupe fut formé avec le Bengale (Duc No Tranh), le Constricteur (Frank Payne), Trauma (Terrence Ward), les trois clones (Michael, Van et Patrick) de MVP (un des cadets de l’Initiative, tué accidentellement lors d’un entraînement) appelés les Scarlet-Spiders et la tueuse Typhoïd (Mary), rééduquée et dont l’identité réelle était dissimulée derrière le masque de la Mutante Zéro. L’existence de l’Initiative de l’ombre fut maintenue secrète le plus longtemps possible et, même après que ses premières missions furent connues du public, le gouvernement nia durablement l’existence du groupe, démentant toutes les informations circulant à son sujet. Gyrich envoya l’Initiative de l’ombre en mission pour la première fois lors de la Guerre de Hulk : de manière imprudente, plusieurs cadets de l’Initiative – Guignol (Steve Harmon), Hardball (Roger Brokenridge), Rage (Elvin Halliday), Septième-Ciel (Abigail Boylen), Thor-Girl (Tarene), Ultra-Girl (Susanna Sherman – avaient été capturés par les Liés en Guerre, les compagnons de Hulk. Sous la conduite du Bengale, le groupe réussit à libérer les prisonniers, tandis que Trauma tentait d’utiliser ses pouvoirs pour terroriser Hulk (Bruce Banner). Mais celui-ci, bien trop en colère pour céder à la peur, étourdit Trauma d’un coup, l’abandonnant sur place comme avertissement pour les autres. Trauma put être ramené au camp et put y être soigné. Peu après, l’existence des Scarlet Spiders devint connue du grand public et le trio fut alors retiré de l’Initiative de l’ombre pour être intégré parmi les autres recrues de l’Initiative.
Le trio fut cependant rappelé par Gyrich quand le Camp Hammond fit face à la menace de KIA, un autre clone de MVP, mais renégat. Toutefois, le trio fut vaincu et l’un d’eux fut même tué par le clone. Le Constricteur fut sévèrement blessé, perdant ses deux avant-bras (qui furent remplacés par des prothèses cybernétiques) mais la Mutante Zéro réussit à sauver la vie de Gyrich. KIA fut finalement vaincu par l’ensemble des cadets de l’Initiative et de leurs professeurs. La révélation des agissements secrets de Gyrich poussa alors les deux derniers Scarlet-Spiders à rejoindre Contre-Force, un groupe d’anciens New Warriors dirigé par Justice (Vance Astrovik), qui souhaitait s’assurer que l’Initiative cesse ses agissements à la limite de la légalité. Quand les Skrulls tentèrent d’envahir la Terre, l’Initiative de l’ombre, restée au Camp Hammond alors que la plupart des autres héros étaient envoyés sur le front new-yorkais, fit face aux forces d’invasion venues sur place pour retrouver Criti Noll, le Skrull qui s’était fait passer pour Hank Pym (le Frelon). Lorsque Véranke, la reine des Skrulls, arriva à son tour, l’Initiative de l’ombre, avec l’aide du nouvel Ant-Man (Eric O’Grady) qui était resté sur place mais simplement pour éviter les combats, décida de la tuer, espérant ainsi décapiter les forces d’invasion. Mais le groupe fut vaincu et capturé, à l’exception d’Ant-Man.
Une fois les Skrulls défaits, l’Initiative de l’ombre devint une équipe quasi officielle de l’Initiative et le Gantelet (Joseph Green) ajouta le Maître de corvées (Tony Masters) aux effectifs du groupe en tant que chef de l’équipe. Komodo (Melati) fut également intégrée à l’Initiative de l’ombre afin de participer à une mission visant à démanteler une cellule d’Hydra basée à Madripoor et qui était dirigée par un ancien cadet de l’Initiative, Hardball (Roger Brokenridge), le propre petit ami de Komodo. Ressentant une certaine familiarité avec la Mutante Zéro, le Maître de corvées la provoqua en duel et découvrit alors sa véritable identité. Le groupe fut parachuté sur Madripoor par le SHIELD et fit rapidement face à Hydra et Harbdall, ainsi que ses alliés : Scorpion (Carmilla Black), Bloodscream et Roughouse. Komodo fut touchée par une version modifiée de la technologie SPIN (qui annulait les pouvoirs surhumains par moyens nanotechnologiques), tirée par Hardball, et l’Initiative de l’ombre, dépassée par leurs adversaires dut prendre la fuite, abandonnant Komodo sur place. Le Maître de corvées décida d’abandonner la mission mais, entre temps, le SHIELD avait été officiellement dissout après la guerre contre les Skrulls, laissant les commandos sans aucun moyen de fuir Madripoor. En désespoir de cause, le groupe infiltra la base d’Hydra, pour envoyer un message de détresse. Alors qu’ils affrontaient de nouveau les agents d’Hydra, la personnalité la plus dangereuse de Typhoïd refit surface et la tueuse prit la fuite, abandonnant ses coéquipiers en plein combat. Mais c’est alors que le HAMMER et Ant-Man arrivèrent à Madripoor, maîtrisant la cellule d’Hydra. Hardball se rendit lui-même au Constricteur, expliquant avoir tout fait pour protéger Komodo. Ayant lui-même une relation difficile avec sa fille, le Constricteur lui affirma comprendre sa situation en le conduisant aux arrêts.
Quand le groupe rentra aux Etats-Unis, il découvrit que Norman Osborn avait été nommé à la tête de l’Initiative et commençait à raffermir son pouvoir en transformant l’organisation. Le Maître de corvées devint le chef du camp de formation et l’Initiative de l’Ombre fut rapidement complétée avec un nouveau cadet, Batwing (Jimmy Santini). Mais Osborn disposait déjà d’une équipe pour les opérations secrètes – les Thunderbolts – et, du coup, il changea la raison d’être de l’Initiative de l’ombre, faisant de celle-ci un groupe de chair à canon pour les opérations dangereuses ou suicides, un fait qu’il dissimula bien évidemment aux membres du groupe. Pour cette raison, les effectifs de l’équipe furent considérablement accrus avec : le second Anneau (Keith Kraft), Badd-Axe, Bloqueur (Emery Schaub), Dr Sax (Jack Dulouz), Firearms, Johnny Guitar (Jonathan Logan), Slaughter-Boy et, enfin, le groupe Heavy Mettle (Barracuda, Blackwing, Riot, Stronghold et Warbow).
Toutefois, peu avant la première mission de la nouvelle Initiative de l’ombre, reprendre la Zone 42 qui avait été conquise par Blastaar et ses troupes de la Zone négative, Johnny Guitar entendit le Maître de corvées évoquer le véritable rôle du groupe. Après mûre réflexion, Guitar décida de participer à la mission mais non sans s’être assuré que sa famille serait dédommagée s’il venait à mourir et avoir blessé son meilleur ami, le Dr Sax, pour lui permettre d’échapper à la mission et, ainsi, de sauver sa vie. Durant la bataille de la Prison 42, Guitar, et plusieurs autres membres de l’Initiative de l’ombre, furent tués, notamment Blackwing, Firearms et Slaughterboy. Mais, recevant l’aide inattendue de Hardball, qui avait été incarcéré à la Zone 42 avant l’assaut de Blastaar, l’Initiative de l’ombre réussit à remporter la bataille. Soucieux de réparer ses torts, Hardball convainquit d’autres prisonniers, parmi lesquels l’Homme-Gorille (Arthur Nagan) et l’Homme-Dragon, de rejoindre l’Initiative contre Blastaar. Finalement, le Maître de corvées, accompagné de Penance (Robbie Baldwin), du Constricteur, du Laser vivant (Arthur Parks) et du Scorcher (Steven Hudak) arrivèrent en renforts et permirent de repousser Blastaar et les siens. Bien que vainqueurs, les membres de la nouvelle Initiative de l’ombre venaient de comprendre douloureusement leur nouvelle place dans l’organisation d’Osborn, celle de chair à canon, alors que Hardball était de nouveau intégré dans l’Initiative pour le récompenser de son rôle. Furieuse de le voir impuni, Komodo protesta mais fut alors sanctionnée en étant privée de ses pouvoirs et expulsée de l’Initiative.
Lorsque les Gros Calibres décidèrent de faire sécession du reste de l’Initiative, Osborn envoya l’Anneau, Badd-Axe et Warbow contre eux, avec d’autres membres de l’Initiative. Le groupe put maîtriser Prodigy (Ritchie Gilmore), le chef des Calibres, mais sa capture fut filmée et diffusée sur la toile par Télémétrie (Marina Zane) et Non-Stop (Madeleine Michaels), portant un sérieux coup à l’image publique d’Osborn. Quelques semaines après, Osborn lançait le siège d’Asgard et plusieurs membres de l’Initiative de l’ombre participèrent à l’assaut ; durant la bataille, Warbow fut apparemment tué par une volée de flèches asgardiennes. Les autres, demeurés au Camp HAMMER, firent face à l’attaque des Avengers Résistants et furent finalement défaits par les héros, avant d’être arrêtés par les autorités. Avec le démantèlement du camp, l’Initiative de l’ombre fut dissoute.