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L’île de Krakoa était une île du Pacifique sud qui a été le théâtre de l’explosion d’une bombe nucléaire durant la guerre froide. Les radiations qui s’ensuivirent affectèrent tous les êtres vivants présents qui se sont agrégés à la terre même de l’île pour donner naissance à une seule et unique énorme créature. Pendant plusieurs décennies, Krakoa se nourri en capturant les animaux qui volaient ou nageaient à proximité d’elle. Mais un jour, bien que n’étant pas un véritable mutant, l’île fut détectée par le Professeur Charles Xavier qui y envoya ses X-Men (Cyclope, Marvel Girl, Iceberg, le Fauve, Ange, Havok et Polaris) enquêter. L’île semblant inhabitée et calme, les X-Men ne se méfièrent pas jusqu’à ce que d’étranges créatures semi-humanoïdes sortent de terre et les capturent. Désespéré, Xavier se tourna vers son amie Moira McTaggert et lui demanda de lui confier les mutants qu’elle avait pris sous sa protection, pour les envoyer au secours des X-Men. Ces nouveaux X-Men étaient dirigés Kid Vulcan (Gabriel Summers), le frère cadet de Cyclope (Scott Summers). Arrivés sur l’ile, ils affrontèrent plusieurs créatures sorties de terre avant de retrouver Cyclope. Ils le mirent à l’abri dans le Blackbird, leur navette, avant de retourner à la recherche des autres X-Men. Mais une créature géante surgit alors du sol et les attaqua. Elle coupa Sway en deux. En mourant, Sway libéra son pouvoir de ralentir le temps autour de ces coéquipiers, permettant à Pétra d’engloutir ses coéquipiers dans le sol juste avant d’être tuée à son tour. Pour maintenir Kid Vulcan en vie, Darwin fusionna avec lui.
Charles Xavier rassembla une troisième équipe de X-Men composée cette fois de Colossus, Diablo, l’Epervier, le Hurleur, Sunfire, Tornade et Wolverine, et toujours dirigée par Cyclope. Ils localisèrent les premiers X-Men et parvinrent à les délivrer mais furent alors confrontés à la même créature que l’avait été la seconde équipe de X-Men. Grâce aux manipulations de Xavier, la créature leur parut sensible et douée de parole, mais en réalité il ne s’agissait que d’une créature violente et enragée. En combinant leurs forces, Tornade et Polaris parvinrent à rompre lien magnétique liant Krakoa au centre de la terre et permettant aux X-Men de s’échapper avant d’expédier l’île toute entière dans l’espace.
La partie de l‘île contenant le corps de Vulcan se détacha du reste de l’île et resta en orbite autour de la Terre. Vulcan finit par se réveiller et par retourner sur Terre, où Rachel Summers sépara son corps de celui de Darwin.
Depuis l’espace, Krakoa relâcha sur Terre de nombreuses spores. La plupart d’entre elles périrent, mais l’une d’elle tomba sur une île et s’amalgama avec sa faune et sa flore, se développant à l’image de Krakoa des années auparavant, donnant le Véga Supérior (ou fils autoproclamé de Krakoa), qui fut adoré par les natifs de l’île.
Toujours en dérive dans l’espace, Krakoa fut découverte et capturée par l’Etranger. Elle fut enfermée dans une cellule spéciale du Monde laboratoire de l’entité et affronta le héros Quasar (Wendell Vaughn) tandis qu’il explorait la planète. Quasar et ses alliés, l’Escadron Suprême, délivrèrent les prisonniers détenus par l’Etranger mais l’on ignore si Krakoa s’est échappée.
Sur Terre, Diablo se téléporta sur l’île ou s’était développé le Véga Superior, après que son avion ait été pris dans une tornade. Il fut attaqué par la créature, qui voulait prendre sa revanche sur les X-Men depuis que l’île de Krakoa originelle avait été vaincue par eux, avant de partir à la conquête du monde. Diablo parvint à tromper la créature et à l’amener dans l’océan où elle sombra.
Un bout de l’île de Krakoa fut plus tard récupéré par Emma Frost et le Hurleur (Sean Cassidy) et transformé en biosphère pour l’Académie du Massachusetts, qui abritait les jeunes héros de Génération X. Au bout d’un certain temps, la biosphère partit d’elle-même pour l’espace et le Hurleur présuma qu’elle avait été rappelée par Krakoa pour se reformer.
Quelques années plus tard, une île déserte ne figurant sur aucune carte fit l’objet d’une acquisition par un promoteur immobilier qui comptait y installer un complexe touristique. Mais pendant les travaux, les cinquante six ouvriers installés sur l’île disparurent. L’île était en réalité une créature semblable à Krakoa. Ils furent secourus par les Jeunes X-Men, menés par Solar et Danielle Moonstar puis l’île fut abandonnée.
Krakoa est une forme de vie basée sur l’esprit collectif des formes de vie amalgamées qui la forment. Elle peut créer des créatures semi-humanoïde de tailles variables, dotées d’une force et d’une résistance surhumaines, communément appelées ses « anticorps ». Krakoa se sert de ces « anticorps » pour se défendre et pour se nourrir. Lorsqu’elle se change toute entière en créature semi-humanoïde, elle est alors dotée d’une force incroyable, capable de soulever ou d’exercer une pression à peu près équivalente à 100 tonnes.
Krakoa est capable de se nourrir de l’énergie vitale de n’importe quelle forme mais semble avoir développé une préférence pour l’énergie vitale des mutants, s’en nourrissant presqu’exclusivement et délaissant toute autre forme de vie. Elle se sert de tentacules végétaux qu’elle fait pousser pour attraper ses proies. Lorsqu’elle absorbe l’énergie des mutants, elle les laisse généralement très affaiblis et sans pouvoir et semble capable de se nourrir de leur énergie aussi longtemps qu’elle les détient captifs. Krakoa semble capable de bloquer les pouvoirs des télépathes tentant d’entrer en communication avec elle et peut survivre sans aide dans l’espace.