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Après la mort apparente de Charles Xavier et le départ de Cable pour le futur avec le premier enfant mutant né depuis le Jour-M, les X-Men se séparèrent et leurs jeunes recrues, parmi lesquelles les Nouveaux X-Men, furent renvoyées chez elles.
Peu de temps après, le cyborg anti-mutant Donald Pierce fut recruté par la Sentinelle Bastion qui rassemblait tous chefs de file anti-mutants les plus farouches. Pierce décida d’éliminer ses anciens rivaux, les Nouveaux Mutants. Pour ce faire, il se fit passer pour l’X-Man Cyclope. Il parcourut le monde et rassembla une équipe de jeunes mutants (il s’agissait pour la plupart, d’anciennes recrues des X-Men) qu’il nomma les Jeunes X-Men : Sooraya Qadir alias Dust, Eric Gitter alias Ink, Nicholas Gleason alias Wolf Cub, Santo Vaccaro alias Rockslide qui lui imposa son amie Ruth Aldine alias Blindfold comme cinquième membre. Sous l’identité de Pierce, il proposa de l’argent à Ink pour qu’il se débarrasse de Blindfold au plus vite et qu’il lui la livre.
Pierce/Cyclope installa les Jeunes X-Men dans les ruines de l’institut Xavier dont les souterrains (et en particulier la Grotte des dangers) étaient encore en état. Il leur présenta les anciens Nouveaux Mutants comme étant les membres d’une nouvelle Confrérie des Mauvais Mutants (Rocket, Solar, Magma et Danielle Moonstar) et qu’ils devaient les tuer. Les Jeunes X-Men étaient réticents à cette idée mais ils acceptèrent de les appréhender.
Pierce/Cyclope envoya Ink et Blindfold à Boulder dans le Colorado se charger de Moonstar tandis que les trois autres partirent pour la Californie appréhender Magma. Ink et Blindfold se débarrassèrent assez aisément de Moonstar mais une fois cette dernière à terre, Ink se retourna contre Blindfold et l’assomma avec le fusil de Moonstar avant de la livrer à Pierce. Cependant Ink refusa de la tuer pour lui. Les autres jeunes X-Men eurent plus de mal à vaincre Magma. Magma n’eut aucun mal à transformer Dust en verre mais finalement Wolf Cub parvint à la mettre hors jeu.
Quelques jours après, Pierce/Cyclope envoya les jeunes X-Men à l’assaut du Club des Damnés dirigé par Solar. A l’institut, les jeunes X-Men étaient épiés depuis plusieurs jours par deux mutants : Jonas Graymalkin et Cipher (Alisa Tager), profitant de leur absence, Graymalkin s’attaqua à Pierce/Cyclope et le démasqua en détruisant son inducteur d’image. Dans la bataille, il projeta Pierce sur les ordinateurs de contrôle des souterrains de l’institut déverrouillant ainsi la cellule de Magma qui vint lui prêter main forte. En situation d’infériorité, Pierce préféra prendre la fuite. Magma se servit alors de ses pouvoirs pour ramener Dust à son état normal. Magma, Dust et Graymalkin partirent alors pour le Club à l’aide d’un Jet et ils interrompirent l’affrontement qui avait lieu entre les autres Jeunes X-Men et les mutants Solar et Rocket et leur firent part de leur découverte à propos de Cyclope. Ink révéla connaître le repaire de Pierce. Les jeunes X-Men s’allièrent alors aux anciens Nouveaux Mutants et se rendirent à la cachette de Pierce afin d’y délivrer leurs alliées Blindfold et Moonstar. Ils retrouvèrent Pierce et l’arrêtèrent mais ils ne purent l’empêcher de tuer le jeune Wolf Cub.
Magma, Moonstar, Rocket et Solar livrèrent Pierce aux X-Men et installèrent les Jeunes X-Men dans un presbytère près du nouveau QG des X-Men situé à Marin, San Francisco en Californie. Malgré les rapports de Ink avec Pierce, Cyclope et les X-Men décidèrent de l’intégrer aux Jeunes X-Men et de confier les jeunes X-Men à Moonstar et Solar. Tandis que Blindfold préférait quitter les X-Men, Moonstar rappela Anole (Victor Borkowski) auprès des Jeunes X-Men.
Après une mission sur une île semblable à Krakoa, les X-Men comprirent que Ink n’était pas un mutant mais que ses pouvoirs lui venaient de son tatoueur qui lui était un mutant capable de doter les autres de superpouvoirs en les tatouant. Ink décida alors de quitter les Jeunes X-Men. En errant dans les rues de San Francisco, il se fit attaquer par des membres du Culte des Damnés mais il s’en débarrassa facilement. En enquêtant sur Léon Nuñez, le tatoueur, les jeunes X-Men se retrouvèrent confrontés aux Y-Men, un large groupe d’humains tatoués par Nuñez et dotés de superpouvoirs. Ink fut alors appelé à la rescousse des Jeunes X-Men par Cipher. Avant d’aller les rejoindre, il passa chez Nuñez pour se faire tatouer un caducée sur la main et un phénix sur le visage. Doté de nouveaux et puissants pouvoirs, à savoir la faculté de guérir les autres et des capacités semblables à ceux du Phénix, il retrouva les Jeunes X-Men et débarrassa tous les Y-Men de leurs pouvoirs.
Cipher se révéla être une jeune recrue de Cyclope qui avait caché sa présence à tous les autres X-Men afin de garder une longueur d’avance sur ses ennemis. Cipher était capable de se rendre invisible et intangible et n’avait jusqu’à ce jour révélé sa présence qu’à Blindfold et Graymalkin. Dust découvrit que la transformation que lui avait fait subir Magma n’était pas sans conséquence et que son corps opérait une dégradation cellulaire la condamnant à une mort certaine. Pierce lui promit de la soigner si en échange elle l’aidait à prendre la fuite. Face à l’impuissance du Fauve, Dust se résigna à le délivrer. Mais lorsqu’il menaça de tuer les X-Men, elle se rallia à eux et l’affronta mais l’effort trop intense provoqua sa mort. Finalement Pierce fut arrêté par les Jeunes X-Men. Ink se servit alors de ses pouvoirs pour ramener Dust à la vie mais en faisant cela il tomba dans le coma. A peine remise sur pieds, Dust partit avec les Jeunes X-Men en ville affronter les mutants du Néo. Les jeunes X-Men furent finalement mêlés aux autres étudiants des X-Men tandis que Moonstar et Solar rejoignaient les Nouveaux mutants.