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A la recherche d’un nouveau sens à donner à sa vie et voulant aider les autres, l’ex super héros et agent du gouvernement Jamie Madrox ouvrit XXX Investigations, une agence de détectives privés spécialisés dans la résolution d’enquêtes liées aux mutants. Aidé de ses deux collègues de chez Facteur X, Félina (Rahne Sinclair) et Malabar (Guido Carosella), il ouvrit son agence à Mutant Town, le quartier mutant de New York City. Madrox commença par enquêter sur la mort d’un de ses doubles et suivit sa piste jusque Chicago où il découvrit que son double avait épousé Sheila Desoto, la fiancé d’un caïd du crime : Edward Vance. Sheila envoya un surhomme capable de se dupliquer, Clay, assassiner son époux lorsqu’il découvrit qu’elle avait pour projet de faire éliminer Vance et de reprendre son empire criminel. Madrox exposa les plans de Sheila à Vance qui la tua elle et Clay. De retour à New York, il trouva son bureau totalement remanié par Malabar et renommé Facteur X Investigations.
Après avoir remporté la cagnotte d’un jeu télévisé, Madrox racheta l’immeuble dans lequel se trouvait son agence et agrandit ainsi sa compagnie. Après le Jour-M, qui laissa la plupart des mutants sans pouvoirs, Facteur X se donna pour but d’identifier les causes de la « décimation » des mutants. Cela en les fit les cibles d’une compagnie d’investigation concurrente apparemment composée de Damian Tryp Sr. et de son fils Damian Tryp Jr. Des années plus tôt, Tryp avait causé la mort des parents de Madrox et avait bloqué les souvenirs de Madrox concernant ce tragique événement. Tryp était persuadé d’un nouvel accroissement du nombre de mutants et de l’asservissement de l’humanité si Madrox découvrait se qui se cachait derrière la décimation. Madrox recruta ses anciens collègues de l’X-Corporation Paris : les mutantes Cyrène (Theresa Rourke) et M (Monet Saint-Croix) et l’ancien mutant Rictor (Julio Richter), sauvé du suicide par M. L’adolescente Layla Miller, qui prétendait « tout savoir » se joint à eux, pour tenter de les éloigner de leur quête, pour des raisons qu’elle garda secrètes. Bientôt, Singularity Investigations fit assassiner l’un des contacts de Cyrène afin de l’attirer et de pouvoir l’éliminer mais Layla la convainquit de suivre une autre piste et de prouver la culpabilité de Jack Vaughn, un acteur client de Singularity, du meurtre d’une jeune femme. Apprenant l’introduction de Rictor à Facteur X et que cela n’était pas raccord avec leurs prévisions futures, les Tryp envoyèrent un assassin le tuer, mais Layla fit en sorte de provoquer la mort de cet assassin et renvoya le corps de ce dernier à ses employeurs en guise d’avertissement. Cyrène fut alors la nouvelle cible de Singularity, battue et laissée pour morte dans une ruelle, elle fut kidnappée par un pervers avant d’être délivrée par Rictor. Suspectant la culpabilité de Singularity, Madrox et Malabar menacèrent Tryp Jr. Peu après, Tryp invita Madrox dans son agence et lui proposa d’unir leurs deux agences. Comme Madrox refusa, Tryp Jr le précipita par la fenêtre. Suspectant le danger, Madrox avait envoyé un double à sa place qu’il réabsorba avant qu’il n’atteigne le sol. Faisant tester l’ADN de Tryp Sr. et de Tryp Jr., Madrox découvrit que les deux avaient exactement le même ADN et qu’ils étaient en réalité la même personne. Il demanda alors à Cyrène de trouver Spider-Man et de l’hypnotiser afin qu’il lui révèle tout ce qu’il savait sur le Jour M et la Décimation. Ils apprirent que la responsable était la Sorcière Rouge (Wanda Maximoff) et que les X-Men étaient au courant et le leur avaient caché. Facteur X fut alors approché par Vif-Argent (Pietro Maximoff) qui espérait pouvoir les opposer au gouvernement et au projet de loi concernant l’enregistrement des super héros qu’il suspectait de conduire à l’extermination des surhommes. En colère après lui et ne sachant pas trop quoi faire, les membres de Facteur X s’enregistrèrent lorsqu’un double de Madrox travaillant pour le S.H.I.E.L.D. se présenta à l’agence. Néanmoins, ils finirent par déclarer aux médias leur hostilité à cette loi et se dirent prêts à aider tous surhommes souhaitant la contourner. Lorsque les X-Men se rendirent à Mutant Town pour capturer Vif-Argent, les membres de Facteur X refusèrent de les laisser faire. Pietro ouvrit alors un centre médical où il proposait aux ex-mutants de récupérer leurs pouvoirs grâce aux brumes terrigènes des inhumains. Rictor fut l’un des ex-mutants à accepter.
La vie de Madrox se compliqua lorsque lui et l’un de ses doubles couchèrent en même temps avec Cyrène et M. Un micro-biologiste, Henry Buchanan, qui travaillait pour Singularity, réclama alors la protection de Facteur X. Malabar fut chargé de sa protection mais contrôlé mentalement par Singularity, il finit par le tuer. Malabar tenta de le cacher à ses collègues mais Félina finit par découvrir la vérité grâce à ses hyper sens. Les autres membres de Facteur X infiltrèrent les locaux de Singularity et découvrirent que Tryp tentait de recréer un virus mortel n’affectant que les mutants. Tryp parvint même à montrer à Félina une vision du futur dans lequel elle assassinait Madrox et Layla le jour de leur mariage et Madrox récupéra le souvenir de la mort de ses parents que Tryp lui avait volé. Finalement un double de Madrox se sacrifia et se fit exploser dans les locaux de Singularity pour mettre fin à leurs agissements. Mais même si la version rajeunie de Tryp avait péri, sa version fantôme apparut à Layla et la menaça de prendre sa revanche. Après des entretiens individuels avec le psychiatre Leonard Samson, les membres de Facteur X reconnurent leurs peurs. Madrox décida de mettre fin au problème que pose sa liaison avec M et Cyrène en leur avouant la vérité et décida de partir à travers le monde pour retrouver et réabsorber ses doubles. Il retrouva son double agent du S.H.I.E.L.D. et parvint à le réabsorber malgré l’intervention de l’HYDRA mais ne put se résoudre à réabsorber un autre de ses doubles devenu pasteur et père de famille.
M et Cyrène quant à elles décidèrent de régler leur différent par une séance de shopping à Paris mais assistèrent à l’agression d’ex-mutants par des humains et intervinrent. Arrêtées par la police française, elles apprirent au commissariat que les humains avaient finalement mis le feu dans un squat d’ex-mutants. Elles s’échappèrent alors et se rendirent sur les lieux où elles ne retrouvèrent qu’une seule survivante, une adolescente du nom de Nicole. Attristée, M décida de la ramener avec elle aux Etats-Unis.
Cette nouvelle venue déconcerta Layla Miller qui n’avait pas prévu son arrivée. Nicole était en réalité un cyborg assemblé par l’Isolationniste. L’Isolationniste était un être doté de tous les pouvoirs des mutants vivants. Mais il était aussi lié psychiquement à chacun de ces mutants et il entendait constamment leurs pensées dans sa tête. Aussi, il s’était terré en Arctique afin de tenter d’y échapper. Lorsque le Jour-M réduisit le nombre de mutants de plusieurs millions, son agonie fut considérablement réduite. Il décida alors de prendre les choses en mains et de se débarrasser des derniers mutants encore en vie. Incapable de s’attaquer aux mutants à cause d’un blocage mental, il tenta de convaincre Facteur X de rassembler tous les mutants en un même lieu espérant ainsi pouvoir les détruire en une fois. Comme il voyait Layla et ses pouvoirs comme un obstacle à son plan, il chargea Nicole de l’assassiner.
Pendant ce temps, les membres de Facteur furent confrontés à la Cellule X, un groupement d’ex-mutants dotés de pouvoirs par Vif-Argent, menant des opérations terroristes contre le gouvernement dont ils suspectaient la responsabilité dans le Jour-M. Mais les pouvoirs donnés par Vif-Argent n’étaient pas fiables, le leader du groupe en mourut et d’autres en perdirent le contrôle. Rictor utilisa les pouvoirs que lui avaient donné les cristaux de Vif-Argent pour déposséder ce dernier des siens. Après quoi, Cyrène découvrit qu’elle était enceinte de Madrox et Félina et Rictor entamèrent une relation amoureuse. Malabar quant à lui se vit offrir le poste de représentant de la loi à Mutant Town par Valérie Cooper, son ancien patron. L’Isolationniste, incommodé par la présence de télépathes, s’arrangea pour éloigner M et Cyrène de Mutant Town en les envoyant enquêter sur une fausse histoire d’enrôlement forcé de deux adolescents dans un mouvement évangéliste anti-mutant. En leur absence, il approcha Madrox et lui proposa de déclarer les mutants comme espèce en voie d’extinction. Nicole quant à elle tenta d’éliminer Layla, mais elle fut sauvée par Vif-Argent qui voulait lui-même tuer la jeune fille. Layla parvint à s’enfuir et fut retrouvée par Nicole mais c’est elle qui élimina le cyborg en la précipitant sur les rails du métro. Elle prévint alors Facteur X de la supercherie et une bataille éclata entre les détectives mutants et l’Isolationniste. Réalisant qu’il était en situation d’infériorité, Huber prit la fuite. Les membres de Facteur X prêtèrent ensuite main forte aux X-Men lorsque l’institut Xavier fut assiégé par Hulk.
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Plus tard, la naissance du premier enfant mutant depuis le Jour-M poussa les X-Men et Facteur X à s’allier pour empêcher l’enfant de tomber entre les mains des Purificateurs et des Maraudeurs de Monsieur Sinistre. Lors de cette quête, Félina se joignit à la nouvelle incarnation de X-Force, une équipe rassemblée par Cyclope pour exécuter les ennemis des X-Men. Suite à la naissance de cette enfant, les X-Men découvrirent que les mutants étaient réapparus dans deux futurs possibles et décidèrent d’y envoyer deux doubles de Madrox. Layla et l’un des doubles de Madrox partirent alors dans l’un de ces futurs pour enquêter sur la réapparition des mutants. Ils découvrirent un monde où les mutants étaient enfermés dans des camps et y apprirent que l’enfant en grandissant serait responsable de la mort de milliers d’humains. Ils découvrirent aussi que Bishop dans leur présent tenterait de tuer l’enfant. Layla tua alors le double de Madrox afin que ses souvenirs reviennent dans le corps du Madrox original et qu’il trouve l’enfant avant Bishop. L’enfant retrouvé, il fut envoyé dans le futur avec Cable. Félina quitta alors définitivement Facteur X pour X-Force, terrifiée à l’idée d’assassiner Madrox et Layla.
Les autres membres de Facteur X furent alors confrontés à l’assassin Arcade qui avait enfermé le quartier de Mutant Town en entier et tous ses habitants dans un macabre jeu de massacre. Mais finalement, les membres de Facteur X parvinrent à mettre en fuite Arcade et à libérer Mutant Town mais le quartier avait subit de nombreux dégâts et leur locaux avaient été détruits. L’agent du gouvernement Valérie Cooper vint alors leur proposer de travailler pour l’O*N*E en échange de quoi le gouvernement ne mettrait pas fin à leur organisation. La plupart d’entre eux refusèrent. Ils décidèrent donc de partir pour Detroit et de s’y établir dans le plus grand secret. Mais c’était sans compter sur Madrox et Malabar qui acceptèrent de travailler pour l’O*N*E sans pour autant en informer leurs collègues… Bientôt, un homme vint leur demander leur aide pour retrouver son fils : Armando Munoz, alias Darwin des X-Men. Darwin était à Détroit en compagnie de l’X-Man Longshot. Mais ce dernier s’avéra être un Skrull. Avec l’aide de Facteur X et de l’héroïne Miss Hulk, Darwin parvint à vaincre le Skrull. Ainsi, il retrouva son père mais ce dernier avait en réalité été embauché par le projet Karma pour leur livrer son fils. Les membres du projet Karma capturèrent Darwin et tirèrent une balle dans la tête de son père, le plongeant dans le coma. Le projet Karma souhaitait récupérer les pouvoirs évolutifs de Darwin pour créer une armée mais il fut sauvé par l'intervention de FX Investigations et Longshot,qui avait été attiré à Détroit par l’affaire du Skrull se faisant passer pour lui. Darwin et Longshot rejoignirent X Investigations.
Finalement, le reste de l'équipe découvrent qu'ils travaillent pour Val Cooper et l'O*N*E et Cyrène accouche. Malheureusement, en prenant son fils dans ses bras, Madrox l'absorba et comprit qu'il ne s'agissait pas de son enfant mais d'un double. Déprimé, il quitta l’équipe et retrouva Layla Miller dans le Vermont qui le conduisit dans le futur, où il rejoignit la rébellion Summers.
L’équipe est bientôt embauchée par Lenore Wilkinson, une ancienne mutante qui se sent traquée et en danger. Ils découvrent bientôt qu’elle est la cible de Cortex, le double de Madrox envoyé dans le futur quelques mois plus tôt (après la naissance du premier enfant mutant depuis le Jour-M) et devenu une entité techno-organique au service d’un gouvernement anti-mutant. Cortex avait té envoyé par ce même gouvernement pour tuer la jeune femme et ainsi empêcher la Rébellion Summers de naître. Cortex se servit successivement de Shatterstar puis de M pour atteindre l’équipe. Les deux parvinrent cependant à se défaire de l’influence de l’entité et à la vaincre. Shatterstar (Gaveedra Seven) rejoignit alors les rangs de l’équipe, entamant une relation amoureuse avec son coéquipier Rictor. A l’issue de ces événements, Madrox revint dans le présent.
Peu après le retour de Madrox dans le présent, Facteur X Investigations se séparèrent en deux groupes : Madrox et Guido retournant à New York pour ouvrir leur propre bureau – dans les anciens locaux d’une morgue, les autres restant auprès de Cyrène à Détroit. Mais moins d'un mois après, tous exceptée Monet et Cyrène, quittèrent Détroit pour retourner à New York. Monet ne tarda cependant pas à les rejoindre, cherchant à la base à conduire Madrox auprès de Cyrène pour la soutenir mais découvrant sur place que son père avait été enlevé par le Baron Mordo et qu’elle devait l’aider. Contactés par Valéria et Franklin Richards, les membres de Facteur X Investigations se rendirent en Latvérie à la recherche de Susan Richards, la Femme invisible, qu’ils retrouvèrent dans le château de Fatalis en compagnie notamment de Layla Miller, également revenue du futur. L’équipe se rendit ensuite sur Utopia, à la demande de Cyclope mais refuse d’y rester. Par la suite, ils firent face à la D.R.M, la Direction de répression des mutants, une cellule gouvernementale dirigée par Bolivar Trask (lui-même ressuscité et manipulé par Bastion), affrontement durant lequel ils furent rejoints par Cyrène – devenue Banshee. Ils furent bientôt rejoints par Félina qui réintégra l’équipe, enceinte du loup Hrimhari. Ils se rendirent ensuite à Las Vegas pour y récupérer Pip le troll des griffes de Héla, la déesse asgardienne de la mort. Avec l’aide de Thor et surtout grâce à Darwin, ils parvinrent à vaincre la déesse. Pip sauvé, il intégra l’équipe comme secrétaire.
Après un affrontement contre le S.C.A.R, l’équipe tenta de protéger Félina, sur le point d’accoucher, contre des hordes de dieux et de démons lycanthropes. Félina donna naissance à un enfant loup, Tier, mais le rejetta avant de partir à sa recherche. Longshot et ses coéquipiers affrontèrent ensuite un Gardien, un démon de troisième ordre, et enfin le démon Bloodbath, affrontement au terme duquel Madrox trouva apparemment la mort.
En son absence, l’équipe tomba dans le giron de Wolverine et de Valérie Cooper qui décidèrent d’adjoindre les mutants Havok (Alex Summers) et Polaris (Lorna Dane) à leurs rangs pour les diriger. Mais Madrox ne tarda pas à revenir à la vie et il les partagea le leadership de l’équipe avec eux.
Lorsqu’une équipe d’apprentie super-héros de Seattle devint la cible d’un serial-killer, Madrox et Shattertstar partirent enquêter tandis que Banshee enquêta sur des morts perpétrés par la déesse Morrigan. A New York, Polaris demanda à Longshot et Monet de lire son esprit pour lui révéler la vérité au sujet de ses parents mais la découverte de la vérité -à savoir qu’elle les avait tué lors de la première apparition de ses pouvoirs – la plongea en catalepsie. Elle en est finalement sauvée par Banshee qui pour se faire accepta de devenir la nouvelle incarnation de la déesse Morrigan. Polaris sauvée, elle quitta l’équipe. Havok quitta également l’équipe, recruté par Captain América pour faire partie de ses Avengers, mettant fin à sa relation avec Polaris et la laissant diriger l’équipe avec Madrox.
Les membres de Facteur X Investigations affrontèrent ensuite des dizaines de gardiens, qui tentaient d’ouvrir un portail entre la Terre et leur dimension démoniaque. Félina et son fils Tier réclamèrent bientôt l’aide de l’équipe de Madrox pour échapper à Darwin. En effet, Darwin tentait d’assassiner Tier, le « sept milliardième », pour empêcher la lutte que devaient se mener les seigneurs des Enfers pour l’obtention du titre de roi des Enfers. Ils se retrouvèrent ainsi confrontés à la fois aux seigneurs des Enfers (Méphisto, Héla, Pluton, Satana, Satannish et Asmodée) mais aussi à leurs anciens coéquipiers Darwin et Malabar pour tenter de protéger Tier. Monet fut tuée durant l’un des affrontements. Finalement, Tier fut tué par Malabar, qui devint le roi des Enfers et qui se servit de son nouveau titre pour ressusciter Monet.
Après cette bataille, les membres de Facteur X Investigations se retrouvèrent dispersés aux quatre coins du monde. Ne souhaitant pas reformer l’équipe, ils ne retrouvèrent pas et séparèrent, poursuivant chacun leur propre voie : Madrox et Layla Miller, enceinte de lui, s’installèrent ensemble ; Rictor et Shatterstar se retrouvèrent projetés dans le passé ; Monet intégra les X-Men, Félina s’installa chez le père John Maddox, un double de Madrox ; Malabar était le nouveau Roi des Enfers ; Polaris fut embauchée par les Industries Serval pour fonder une nouvelle équipe portant le nom de Facteur X et Longshot et Darwin poursuivirent leurs propres aventures.
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