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Lorsque les aliens connus sous le nom des Phalanx usurpèrent l’identité des X-Men à l’Institut Xavier, ils dérobèrent des informations concernant les jeunes mutants, repérés par le professeur Charles Xavier, qui venaient de manifester leurs pouvoirs. Commandés par Cameron Hodge, ils décidèrent d’éliminer ces jeunes mutants. Deux X-Men : le Hurleur (Sean Cassidy) et la jeune Jubilée (Jubilation Lee) s’allièrent à la Reine Blanche (Emma Frost) et à Dents de Sabre (Victor Creed) pour les arrêter. Ils tentèrent de retrouver les adolescents avant les Phalanx mais ne purent en sauver qu’un : le jeune Everett Thomas alias Synch, capable de se synchroniser sur les pouvoirs des autres. Les autres (la puissante Monet Saint-Croix, la téléporteuse Clarice Ferguson, Angelo Espinosa à la peau extensible et la protéimorphe Paige Guthrie, la jeune sœur de Samuel Guthrie alias Rocket) avaient déjà été capturés et emprisonnés par les aliens. Ils réussirent à s’échapper de leur cellule grâce à la perspicacité de Monet. Ils furent bientôt rejoints par le Hurleur et ses alliés qui les aidèrent à combattre les Phalanx. Le combat prit fin lorsque la jeune Clarice se sacrifia pour tuer les Phalanx et sauver ses camarades.
La menace écartée, Charles Xavier réouvre l’Académie du Massachusetts d’Emma Frost à Snow Valley fermée suite à la mort des Héllions et lui confie à elle et au Hurleur les jeunes qu’ils venaient de secourir. Les premiers étudiants de l’Académie sont : Jubilée (Jubilation Lee), M (Monet Saint-Croix), Husk (Paige Guthrie), Synch (Everett Thomas) et Skin (Angelo Espinosa). A l’Académie, ils reçoivent à la fois une éducation semblable à celle fournie par n’importe quelle autre école ainsi qu’un entraînement à l’autodéfense et la maîtrise de leurs pouvoirs dans la Grotte, une biosphère organique semblable à la Salle des Dangers des X-Men, élaborée à partir de la technologie Shi’ar et des restes de l’île vivante de Krakoa. L’équipe est bientôt rejointe par le jeune Jonothon Starsmore alias Chamber. En arrivant à l’aéroport, Chamber est attaqué par le vampirique Emplate, le frère de M, qui voyait en lui un repas d’exception. Les adolescents le repoussent et ramènent Chamber à l’Académie du Massachusetts. A leur retour, ils trouvent dans le parc de l’Académie une jeune mutante à la peau aussi tranchante que des lames de rasoir libérée de l’emprise d’Emplate et amenée là par le vieil aborigène mutant : Gateway. Le seul mot qu’il prononce alors est : Penance. L’équipe le prend pour le nom de la mutante qu’ils adoptent dans leur rang. Terrifiée, la jeune mutante détruit l’infirmerie de l’Académie avant de fuir dans le parc tout proche. Calmée par Chamber, elle revient à l’Académie. C’est ainsi que l’Académie du Massachusetts accueille deux étudiants supplémentaires.
Peu après, la Reine Blanche recrute deux étudiants supplémentaires pour l’Académie : les enfants mutants Artie Maddicks et la Sangsue. Mais elle est capturée avec la Sangsue par Gène Nation avant d’être secourue par ses autres étudiants. La Sangsue et Artie décident vite de s’installer dans la biosphère et avec l’aide de leurs camarades, ils se construisent une cabane dans un arbre qui devient vite leur maison. Pendant ce temps, le Fauve, Emma et Sean découvrent que M sombrent régulièrement dans un état semblable à l’autisme et une romance naît aussi entre Chamber et Husk. Le premier baiser des deux adolescents débouche d’ailleurs sur l’incendie du dortoir des filles provoqué par la perte de contrôle de ses pouvoirs par Chamber. Peu après, les étudiants vivent une aventure dans une autre réalité en recherchant le château disparu de Sean Cassidy. Ils y délivrent les lutins de l’emprise de la fée Grande Dame.
Ils sont bientôt rejoint par le mutant Mondo, qu’ils rencontrent au hasard à Boston. Mondo avait sympathisé peu de temps avant avec la jeune sœur d’Emma Frost : Cordélia, qui l’a trahi et livré au Club des damnés. C’est en s’échappant qu’il rencontre les jeunes de l’Académie du Massachusetts (ils se font alors appeler Génération X). Avec Mondo dans leurs rangs, ils affrontent Omega Red et contrent une attaque d’Emplate, allié à l’ex-petite amie de Chamber : Gayle Edgerton, sur l’Académie. Durant l’affrontement, Synch est infecté par Emplate et s’enfuit pour Saint Louis où il tente de se nourrir de sa famille. Il est empêché par les filles de Génération X. Il est alors le premier à découvrir le secret de M en se synchronisant à ses pouvoirs. : M est en fait un amalgame des jumelles Saint-Croix.
Chamber est ensuite brièvement capturé et testé par l’entité psychique Onslaught. Mais l’entité manipule ses souvenirs le rendant incapable de se souvenir d’elle. Après quoi, Chamber aide Skin à affronter le Bourreau, venu exécuter le jeune mutant avant de partir pour un tour des Etats-Unis jusque Los Angeles, la ville natale de Skin. En chemin ils font la rencontre d’Howard le canard. Pendant ce temps, Onslaught s’en prend à Emma qui décide d’emmener Génération X dans une de ses demeures en Ontario pour les protéger. Les jeunes y affrontent le Crapaud et le Chirurgien.
Après quoi ils retournent à Snow Valley où Nathaniel Richards leur confie la garde du jeune Franklin Richards en l’absence des Quatre Fantastiques. L’équipe connaît alors une période de calme. Les jeunes Artie, Sangsue et Franklin font la rencontre de l’alien blessée Tana Nile et prennent soin d’elle quelques temps. Ils reçoivent même la visite d’Howard le canard et de sa petite amie Beverly Switzler. Lorsque Mondo trahit l’équipe et les attaque, Franklin téléporte ses amis en sûreté et vit avec eux quelques aventures aux côtés de l’Homme-Chose.
Pendant ce temps à l’Académie, Mondo aidé par Black Tom Cassidy, son père adoptif, capture les autres membres de Génération X et les téléporte au beau milieu de l’océan, à l’emplacement initial de l’île mutante de Krakoa. Il s’en prend ensuite à Emma Frost, Sean Cassidy et Penance. Mais cette dernière tue Mondo et blesse Black Tom sauvant ses professeurs. Jubilée est quant à elle capturée par Bastion, du programme anti-mutant Opération : Tolérance Zéro. Malgré les mauvais traitements, Jubilée sympathise avec une soupirante de Bastion : Daria, qui l’aide à s’enfuir. Pendant ce temps à l’Académie, Emplate vient proposer à Emma et Sean son aide pour retrouver leurs étudiants perdus en échange de Penance. Emma accepte (elle voulait en fait lui soutirer l’information sans lui remettre Penance) mais est assommée par Sean qui prend la fuite avec Penance. Les autres membres de Génération X sont finalement secourus par Glorian qui les conduit à Los Angeles où ils affrontent le Major Love et les Sentinelles de Bastion. Ils sont aidés par Tores, l’ex de Skin et son gang. Mais au cours de l’affrontement, M est blessée et les jumelles qui la forment se séparent et tombent dans le coma, révélant à tous leur secret. Artie, Sangsue et Franklin reviennent à l’Académie et Franklin retourne bientôt chez ses parents.
Alors que les étudiants de Génération X tentent de récupérer de leurs récents déboires, l’Académie est infiltrée par Tracy Authier, la fille d’un policier de Snow Valley, qui dérobe des objets personnels aux étudiants. Ils finissent par récupérer leurs affaires après avoir prit contact avec Tracy. L’Académie est alors attaquée une nouvelle fois par Emplate (désormais allié à Chimera). Les jumelles Saint-Croix sortent de leur torpeur pour former M une nouvelle fois et s’attaquent à Emplate. Mais très vite, elles s’amalgament avec Emplate pour donner naissance à une nouvelle créature androgyne nommée : M-Plate. M-Plate capture alors Synch et s’enfuit avec Chimera vers une autre dimension. M-Plate tente alors de forcer Synch à activer le mélangeur universel protégé par une jeune mutante nommée Gaia. Il voulait faire fusionner toutes les consciences du multivers. Mais Synch refuse, délivre Gaia et les deux mutants sont vites secourus par Génération X. M-Plate quant à lui est avalé par le rat Dirt-Nap qui recrache les trois frères et sœurs séparés les uns des autres.
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De retour sur Terre, Synch est tabassé par des voyous de Snow Valley. Il est conduit à l’hôpital où il se synchronise inconsciemment avec les jumelles Saint-Croix. A son réveil, les jumelles comprennent que leur sœur, la vraie Monet est coincée dans le corps de Penance. Aussi elles fusionnent ensemble et prennent sa place dans le corps de Penance. La vraie Monet apparaît alors à l’équipe et intègre Génération X. Avec elle, ils aident des trolls d’Asgard. Peu après, tous les télépathes du monde perdent brièvement leurs pouvoirs psychiques en raison entre l’X-Man Psylocke et le Roi d’Ombre sur le plan psychique. Gaia rejoint alors Génération X et ensemble ils affrontent une ancienne rivale d’Emma Frost : Bianca LaNeige. L’équipe est un temps rejoint par l’ancien X-Man Maggott mais il les quitte aussi vite qu’il les a rejoints. Génération X affronte aussi le vampire Dracula.
Lorsque Emma Frost rencontre des problèmes d’argent, elle réclame de l’aide à sa sœur aînée Adrienne. Celle-ci accepte de l’aider en échange de la direction de l’Académie. Emma est contrainte d’accepter. Adrienne grâce à ses pouvoirs mutants de psychométrie savait qu’Emma hébergeait de jeunes mutants. Aussi elle ouvrit les portes de l ‘établissement à plus de 200 étudiants humains. Génération X est bientôt attaqué lors d’une sortie à Boston par Gène Nation avant d’être secourus par Gaia, Emma Frost et X-Man. Après un affrontement contre Paradox Gaia quitte l’Académie. Après quoi ils affrontent Hunter Brawn, après qu’il ait kidnappé son propre fils Tristan. Tristan voulait faire du chantage à Paige pour qu’elle sorte avec lui mais Jubilée découvre vite que le père de ce dernier est impliqué dans le meurtre de ses parents.
Peu après, Génération X affronte les Fils du Levant à Madripoor afin de récupérer un sabre pour Adrienne. Mais à leur retour, Adrienne les piège avec Emma dans une illusion leur faisant revivre le massacre des Héllions. Grâce à M, ils parviennent à contourner l’illusion et à chasser Adrienne. Emplate attaque alors l’école mais une violente explosion le laisse inconscient et sépare les jumelles Saint-Croix du corps de Penance. Leur père intervient alors et les désinscrits de l’Académie. Il emmène les jumelles au Maroc et inscrit M dans un pensionnat suisse. Pendant ce temps, Génération X protège Cordélia de Mondo, de son père Black Tom et de son ami le Fléau. En Suisse, M est confrontée à des vampires. Après les avoir vaincus, elle retourne aux Etats-Unis auprès de Génération X.
Mais bientôt Adrienne fait son retour et reprend la direction de l’Académie. Sous sa direction, le racisme anti-mutant grandit chez les élèves. Emma et Sean décident d’écarter Artie, la Sangsue et Penance pour les protéger et les envoient au Maroc chez le père de M. Désireuse de causer du tord à l’équipe, Adrienne révèle la présence de mutants à l’Académie aux parents des étudiants humains. Une émeute éclate à l’Académie lorsque les parents des étudiants humains viennent chercher leurs enfants. Adrienne avait aussi placé placer des bombes à l’Académie. L’une d’elle explose emportant avec elle Synch. Pour l’arrêter, Emma la tue. Après l’enterrement de Synch, Génération X démantèle un réseau de maisons de correction responsables de la mort de nombreux adolescents. Avec la mort de Synch, la déprime du Hurleur suite à la mort de Moira Mc Taggert et le comportement trouble d’Emma, les membres de Génération X décident de se séparer. C’est ainsi que l’Académie du Massachusetts ferme ses portes et que l’aventure Génération X se termine.
Chamber intègre les X-Men, Husk part dans le grand Nord sauver des arbres avant de le rejoindre, Skin et Jubilée s’installent à Los Angeles où Jubilée entame une carrière d’actrice et M part s’installer dans une de ses nombreuses demeures à Alger.