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Lorsque le gouvernement japonais voulu une équipe de super-héros sous son contrôle, un consortium top-secret d’hommes politiques et d’homme d’affaire fut constitué, le Giri. Le but du Giri était de recruter et de former de potentiel agents surhumains au sein d’une équipe baptisée « Big Hero Six ». Malgré les réserves de plusieurs membres du Giri, le Samouraï d’argent (Keniuchio Harada), aux accointances très louches, ancien garde du corps de la terroriste appelée la Vipère, fut désigné comme leader sur le terrain. L’agent secret Honey Lemon, inventrice de la nano-technologie « Power Purse », qui lui permettait d’accéder à un nombre incalculable d’objets stockés dans un simple sac à main, rejoignit aussi l’équipe. Gogo Tomago, capable de changer son corps en vagues d’énergie, fut sortie de prison à la condition d’intégrer l’équipe. Enfin, le machiavélique bureaucrate connu seulement sous le nom de Monsieur Oshima fut choisi pour être le porte-parole du Giri, et le coordinateur des activités de Big Hero 6.
Les scientifiques gouvernementaux identifièrent par la suite un jeune génie de treize ans, Hiro Takachiho, comme un potentiel agent. Pas le moins du monde impressionné par le Samouraï d’argent, Hiro déclina l’invitation jusqu’à ce que sa mère soit enlevée par Everwraith, une projection astrale de tous les morts des deux explosions nucléaires de 1945 sur Hiroshima et Nagasaki. En compagnie de Baymax, un garde du corps artificiel capable de se changer en dragon et créé par Hiro sur les bases du schéma cérébral de son père, le jeune homme rejoignit, contraint et forcé, les rangs de Big Hero 6, afin d’empêcher les Everwraith de tuer des millions de personne à Tokyo. C’est durant cette bataille que Big Hero 6 fût rejoint par Sunfire (Shiro Yoshida), le premier super-héros japonais, un mutant avec la capacité de projeter des rafales de plasma extrêmement chaudes. Ensembles, ils purent venir à bout d’Everwraith, libérant la mère de Hiro, qui décida, malgré tout, de demeurer au sein de Big Hero 6, avec Baymax.
Peu de temps après, Big Hero 6 délaissa les bureaux du Giri pour s’installer dans un parc d’attraction, où ils furent attaqués par X l’Inconnu, né des pouvoirs étranges d’un enfant capable de changer ses dessins en formes vivantes. Avec l’aide d’Alpha Flight, Big Hero 6 détruisit le monstre dans les flammes du Mont Fuji. Le groupe continua par la suite à protéger le Japon, agissant, entre autres, lorsque la criminelle Justine Hammer (le second Crimson Cowl) déclencha avec l’aide de ses Maîtres du Mal des tempêtes à l’échelle planétaire. Cependant, peu après, Sunfire quitta l’équipe afin de travailler au sein de la X-Corporation de Mumbai, en Inde. Il fut remplacé par une jeune femme aux pouvoirs sensiblement identiques, Sunpyre (Lumina), apparue à travers le Power Purse de Honey Lemon, et qui vouait un culte quasi-divin à l’agent japonaise ; Lumina était la princesse régnante de Coronar, une planète cachée au cœur du microvers. Après que le Samouraï d’argent avait été apparemment tué par Elektra, en Irak, il fut à son tour remplacé par l’énigmatique Samouraï d’ébène. Avec le départ des deux membres les plus expérimentés de l’équipe, Hiro en devint le chef.
Lors de l’une de leurs opérations, les membres de Big Hero 6 furent attaqués par des laquais de Yandroth, dans le cadre d’un de ses plans à accroître sa propre puissance en suscitant des combats entre héros surhumains. Yandroth dépêcha un groupe d’Effaceurs – des entités capables de transporter les individus à travers les dimensions – dans leur quartier général. Le groupe réussit à vaincre ses adversaires et put regagner la dimension terrestre. Plus récemment, l’équipe fut victime d’une manipulation mentale, grâce à un petit appareil implanté en Baymax. Voyageant jusqu’au Canada, les héros sous emprise attaquèrent une nouvelle incarnation d’Alpha Flight. Après quelques coups, l’appareil posant problème se retrouva court-circuité et les deux équipes se quittèrent en bons termes. Big Hero 6 repartit au Japon avec la ferme intention de trouver le responsable de cette attaque. Le résultat de leurs recherches demeure inconnu mais, quelques temps après, Sunpyre regagna le microvers, rentrant ainsi chez elle ; réalisant qu’il n’avait plus sa place dans ce monde, le Samouraï d’ébène décida de la suivre, aidant Lumina à reprendre son trône, qui avait été usurpé durant son absence. A leurs places, le groupe recruta Wasabi-No-Ginger, un maître du maniement des lames, également capable de matérialiser son énergie ki sous la forme de poignards de jet qui paralysent ses ennemis, et Fred, ou Fredzilla, un Aïnou élevé par le SHIELD et capable de se transformer en une créature semblable à Godzilla.