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Fantomex, de son vrai nom Charlie-Cluster 7 est né dans un complexe industriel militaire secret nommé le Monde, basé en Angleterre et construit par le programme Arme plus. Dans le Monde sont créés des soldats artificiels destinés à servir les humains en cas de conflit entre homo-sapiens et homo-sapiens superior. Tous ces soldats artificiels sont ensuite entrainés. Fantomex est un hybride humain, mutant et sentinelle. Il semble avoir été conçu dans le ventre d’une femme humaine, une scientifique connue sous le nom de « Mère » qui a participé à la création du Descendant, une réplique armée de la Torche humaine originale. Il semble qu’elle ait tenté de contrer les intentions du programme de faire de Fantomex un chasseur de mutants en lui inculquant la moralité durant le peu de temps où elle pouvait l’approcher. L’existence et les motivations ultérieures de Mère demeurent toutefois très mystérieuses. Fantomex a été plongé dans le flux temporel liquide par les scientifiques du Monde. Elevé dans un temps artificiel, il atteignit l’âge adulte en à peine un mois de temps réel (alors que plusieurs années s’étaient écoulées pour lui). Les scientifiques du Monde lui ont également injecté des nano-sentinelles. Son système nerveux fut extrait de son corps et se développa indépendamment en une entité autonome aux allures de soucoupe volante et capable de parler. Cette entité est nommée E.V.A. Enfin, il est doté de trois cerveaux possédant chacun certains traits distincts de sa personnalité. Charlie-Cluster 7 est la treizième génération d’armes produites par le Monde (la première étant Captain América et Isaia Bradley, la sixième Nuke, la dixième Wolverine, et la quatorzième les Stepford Cuckoos). Charlie-Cluster 7 devait servir avec l’Arme XII (Zona) et l’Arme XV (Ultimaton) et d’autres Super-Sentinelles dans un groupe se faisant passer pour des super-héros. Mais Charlie-Cluster 7, Fantomex, n’était pas enclin à servir le programme Arme plus bien longtemps, sa moralité le poussant à réprouver les décisions et les objectifs poursuivis par les dirigeants du programme.
Un jour, son coéquipier l’Arme III est envoyé par « Père », un scientifique du programme, sur l’Outremonde pour y récupérer un orbe de nécromancie. Probablement pour éviter au programme Arme plus d’acquérir trop de puissance, Fantomex le suit et l’en empêche, s’arrangeant pour qu’il soit capturé par le Corps des Captain Britain. L’Arme III est jugé et condamné à être écorché vif avant d’être jeté en prison. Fantomex en profite alors pour dérober sa peau et retourner vers la Terre où Sir James Braddock l’utilise pour lui créer des balles intelligentes.
Malgré sa participation active au programme Arme plus, Fantomex semble avoir eu des périodes de temps libre durant laquelle il a poursuivi une carrière de voleur et s’est construit avec ses gains un foyer dans les Alpes françaises, foyer dans lequel il vit avec « Mère ». Il semble avoir rencontré la terroriste mutante Mystique (Raven Darkhölme) à Madagascar, à une période non révélée.
Bientôt, le programme Arme plus simule un accident de train contenant Fantomex et l’Arme XII (Zona) dans l’eurotunnel, pour tester les deux super-soldats contre un groupe de mutants, l’X-Corporation Paris. Fantomex en profite pour prendre la fuite tandis que l’Arme XII s’attaque aux passagers du train. Poursuivi par les autorités, Fantomex trouve refuge dans les bureaux de l’X-Corporation Paris et réclame la protection de Charles Xavier et de Jean Grey des X-Men. Adoptant un faux accent français, il déclare être le plus recherché des criminels mutants européens. Apprenant que Fantomex en sait long sur le crash de l’eurotunnel, Charles et Jean acceptent de l’aider. Le trio s’échappe à bord d’E.V.A. Fantomex leur révèle alors l’existence du programme Arme Plus et propose de leur vendre de plus amples informations au sujet du programme à condition que les deux mutants l’aide à détruire l’Arme XII. Contraints de sauver leurs coéquipiers de l’X-Corporation, Charles et Jean acceptent. Arrivés au tunnel, Charles et l’X-Corporation combattent une armée de personnes de d’animaux contrôlés par Zona tandis que Fantomex part à la recherche du dispositif censé détruire l’Arme XII. En route, il abat de nombreuses victimes possédées par l’Arme XII, dont la super-héroïne Darkstar (Laynia Petrovna). Inquiète pour les hôtes de Zona, Jean le suit. Arrivée au cargo, elle constate qu’il y a deux cages et comprend que Fantomex est l’Arme XIII. Après que Fantomex ait trouvé et actionné le détonateur qui tue l’Arme XII, il prend la fuite, fuite couverte par Jean.
Il refait surface peu après en Afghanistan, dans un camp d’esclaves mutants. Il est alors à la recherche de la liste de célébrités impliquées dans ce trafic pour acheter leur silence. Il retrouve dans le camp la jeune mutante Sooraya Qadir (Dust), inconsciente après s’être servie de ses pouvoirs pour tuer ses geôliers, et la confie à Wolverine avant de disparaître. Peu après, il contacte Wolverine et lui propose de l’aider à rassembler des informations sur son passé en échange de son aide pour détruire Ultimaton. Wolverine accepte et avec son coéquipier Cyclope le suit jusqu’au Monde en Angleterre et retrouve le complexe décimé par une attaque de l’A.I.M. Ils affrontent le reste des défenses du Monde avant de tomber sur Ultimaton. Ultimaton les défait et saccage le Monde avant de partir pour une station orbitale de l’Arme Plus. A bord d’E.V.A. les héros le suivent. Sur la station, Fantomex entreprend de tout détruire après avoir laissé le temps à Wolverine d’en apprendre plus sur son passé. Dégoûté par ce qu’il découvre, Wolverine entreprend lui-même de détruire la station et Ultimaton tandis que Fantomex et Cyclope prennent la fuite vers la Terre. Arrivés à Manhattan, ils retrouvent la ville et l’institut Xavier détruits par Xorn (qui se prend alors pour Magnéto). Cyclope demande alors l’aide de Fantomex pour vaincre Xorn et libérer Manhattan. Fantomex accepte et mène les étudiants de Cyclope restants à l’assaut. Après avoir aidé à vaincre Xorn et sa Confrérie et à libérer le professeur Charles Xavier, Fantomex reprend sa croisade contre l’Arme Plus.
Son enquête le mène sur la tombe de John Sublime qu’il retrouve vide, excepté un morceau de papier avec écrit dessus « Roanoke ». Il se rend alors au complexe abandonné de l’Arme X et y trouve l’Agent Zéro. Après un bref affrontement, les deux hommes s’allient et se rendent à Roanoke, une ville dont tous les habitants ont été assassinés par l’Arme X (Wolverine, alors sous contrôle) des années plus tôt. Ils y retrouvent John Sublime mais sont attaqués par ses U-Men et forcés de fuir.
Peu après, il est contacté par le mutant Shortpack, un agent de Charles Xavier, qui réclame son aide pour tuer le trafiquant d’arme mutant Steinbeck, responsable de la mort de son agent Prudence. Fantomex refuse, ne voulant pas aider l’innocent Shortpack à devenir un criminel. Mais Shortpack est enlevé peu après par Steinbeck. Enquêtant sur la disparition de son coéquipier, Mystique qui travaille alors également pour Xavier, découvre sa rencontre avec Fantomex et retrouve celui-ci à Monte Carlo pour l’interroger avant de repartir à la recherche de son collègue. La suivant, Fantomex apprend son intention d’assassiner Xavier et lui propose d’acheter son silence en échange d’une petite course. Mystique accepte et se sachant espionnée par Shepard, l’allié de Steinbeck, simule la mort de Fantomex et d’E.V.A. Fantomex refait surface peu après et aide Mystique à capturer Shepard, ce qui permet à la mutante d’accéder à Steinbeck qu’elle défait.
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On retrouve par la suite Fantomex défendant le Monde contre des hordes de zombies dirigés par Norman Osborn. Tandis que Wolverine et les zombies sont infectés par l’Arme XVI, un virus s’attaquant à la foi religieuse de ses cibles, Fantomex et son allié, l’alien Noh-Varr, athées, en sont immunisés. Noh-Varr réussit bientôt à apaiser le Monde, relâchant Wolverine du contrôle de l’Arme XVI et le trio défait les zombies. Fantomex utilise alors un rayon rétrécissant dérobé au Dr Fatalis pour récupérer le Monde et le garder avec lui.
Des mois plus tard, il recroise la route des X-Men après avoir été embauché par un jeune mutant pour tuer un Prédateur X. Il les aide à affronter la Sublime Corporation et s’enfui avec eux lorsque ces derniers relâchent le virus HXN1, qui cible les mutants. Il rejoint alors l’équipe et s’installe sur Utopia. Charmé par Psylocke, il tente de la séduire mais celle-ci se montre froide à son égard. Il aide bientôt Emma Frost et Kitty Pryde à se débarrasser de Sébastian Shaw, ancien Roi noir du Club des Damnés, à l’autre bout du monde après l’avoir affronté et effacé la mémoire. Plus tard, il aide les X-Men contre des hordes de sentinelles Nemrods de Bastion venues attaquer Utopia et San Francisco.
Cependant, en parallèle de ses activités de membre des X-Men, il poursuit sa carrière de mercenaire et de voleur. Lors d’une tentative de vol au Musée américain d’histoire naturelle, il se retrouve confronté au super-vilain français Batroc le sauteur. S’il parvient à avoir le dessus sur son adversaire, il ne parvient pas à dérober la pierre précieuse et doit la remettre à la police.
Il répond ensuite à l’invitation de Wolverine et rejoint son X-Force, aux côtés des mutants Angel (Warren Worthington III), Psylocke (Elizabeth Braddock) – de qui il est attiré et du mercenaire Deadpool (Wade Wilson). Avec eux, il se rend à Akkaba, en Egypte, où Deadpool a découvert que le Clan Akkaba a ressuscité Apocalypse dans le corps d’un enfant. Sur place, ils infiltrent le vaisseau forteresse d’Apocalypse et se retrouvent confrontés à Guerre (Decimus Furius) auquel Fantomex fait croire qu’il est tombé amoureux de Psylocke, ce qui a pour effet de le faire – provisoirement – exploser. Après avoir sauvé Deadpool, ils doivent s’échapper du vaisseau, celui-ci se préparant à faire un saut de matière. Grâce à un échantillon du sang du mutant Cable (Nathan Dayspring Summers), Fantomex parvient à traquer la technologie céleste qui compose le vaisseau et le retrouve sur la zone bleue de la Lune. Avec ses coéquipiers, il s’y rend. Après un affrontement contre les Derniers cavaliers d’Apocalypse, ils trouvent l’enfant. L’équipe se déchire alors, Psylocke refusant d’exécuter un enfant. La dispute tourne court lorsque Fantomex prend la décision de l’exécuter lui-même, lui tirant une balle dans la tête.
Mais Fantomex est très vite rongé par le remord. Avec un échantillon de sang du jeune Apocalypse, il lui créé un clone à l’intérieur du Monde, dont il confie la garde à Ultimaton. Mais durant son séjour sur le Monde, il découvre qu’un intrus tente d’en prendre possession, un amalgame de technologie connu sous le nom d’Arme Infinité. Cependant, il ne parvient pas à le localiser avec précision pour le détruire. Entre temps, il retourne auprès de sa mère, dans les Alpes françaises. Ils sont alors attaqués par des soldats Deathlocks venus du futur qui tuent « Mère » et lui dérobent le Monde. Avec l’aide d’un autre Deathlock, le Deathlock-Prime, venu d’une autre dimension et de X-Force, il parvient à le récupérer. Il apprend d’un des soldats Deathlocks qu’ils sont venus dans le présent empêcher l’ascension d’Apocalypse et que c’est la raison pour laquelle ils cherchent à le tuer et à s’emparer du Monde. Comprenant que les soldats Deathlocks sont contrôlés depuis l’intérieur du Monde par « Père », aussi connu comme étant l’Arme Infinité, il le déploie et s’y introduit avec X-Force et le Deathlock Prime. Après une lutte acharnée contre les soldats Deathlocks, « Père » est tué par Deadpool. Deathlock Prime rejoint alors l’équipe.
Sa demeure dans les Alpes saccagée, Fantomex s’installe dans la X-Caverne d’Angel et y emmène le Monde. Après un affrontement contre les Purificateurs et avec X-Force, il part à la recherche de Deadpool dans une base militaire nucléaire des Smoky Moutains, dans le Tennessee, lorsque celui-ci tombe sous l’emprise du Roi d’Ombre. Le Roi d’Ombre avait alors pour objectif de lancer une tête nucléaire sur Utopia mais X-Force parvient à l’en empêcher. Ils empêchent ensuite Angel d’exécuter un journaliste, Harper Simmons, ayant appris du Roi d’Ombre l’existence de X-Force. Voulant comprendre son comportement et ses pulsions meurtrières, ils font appel à Dark Beast et apprennent qu’Angel est en pleine ascension et qu’il se prépare à devenir le nouvel Apocalypse. Dark Beast leur confie également que pour détruire la graine de mort qui est en lui, il leur faut une graine de vie et qu’il en possède une dans son laboratoire situé en Terre-295.
Avec X-Force, Fantomex se rend sur la Terre-295 et retrouve la graine. Mais ils se retrouvent confrontés aux X-Men de ce monde qui les prennent pour des clones créés par McCoy et qui détruisent la graine de vie. Dark Beast les trahi alors pour retourner sur la Terre-616 tandis que X-Force s’allie aux X-Men pour trouver une nouvelle graine de vie. Une fois celle-ci trouvée, Fantomex et ses coéquipiers retournent sur la Terre-616 où ils sont accueillis par Archangel, entouré de Dark Beast et du Clan Akkaba. Après un bref affrontement, les membres de X-Force s’échappent, laissant leurs ennemis en possession du Monde, de la graine de vie, et de Psylocke, qui s’est rendue à Archangel. Archangel se sert bientôt de Génocide, le fils d’Apocalypse, du Monde et de la Graine de vie pour détruire une bourgade du Montana et la remplacer par un tout nouvel écosystème créé de manière accélérée : « Tabula Rasa ». Fantomex et ses coéquipiers et s’y retrouvent confrontés au Clan Akkaba. Ayant tué Mort et capturé Famine, ils s’échappent. Après avoir torturé Famine, ils obtiennent la localisation du Clan Akkaba, au Pôle nord, et s’y rendent. Sur place, ils sont vite dépassés par leurs ennemis. Aussi Fantomex décide de quitter les lieux pour se rendre, grâce au mutant Gateway, sur la Terre-295 où il réclame l’aide des X-Men. Accompagné des X-Men de la Terre-295 : Dents-de-Sabre, Jean Grey, Diablo et Sunfire, il retourne au Pôle nord et attaque le Clan Akkaba. Fantomex sort également Génésis (le jeune Apocalypse qu’il a cloné) de sa cuve de croissance et l’envoie attaquer Archangel. Finalement, Archangel est vaincu par Psylocke qui lui plante la graine de vie dans le corps tandis que le reste du Clan Akkaba parvient à s’échapper. Archangel survit mais perd la mémoire, ne se souvenant plus de ses équipiers ni de sa vie passée. Wolverine décide alors de les emmener, lui et Génésis, à l’école Jean Grey pour jeunes surdoués.
Après cela, Fantomex et Psylocke sont enlevés par le Captain Britain Corps et emmenés sur l’Outremonde, alors en lutte contre les forces du démon-bouc Horoam’ce. Là-bas, il est jugé pour avoir tué le jeune Apocalypse par un tribunal dirigé par Saturnyne. Jamie Braddock, l’accusation, se sert alors des souvenirs de sa sœur Psylocke pour formuler son discours. Reconnu coupable, il est condamné à l’éradication de l’existence par déconstruction moléculaire rétroactive. Il est cependant sauvé par Psylocke, laquelle se retourne contre ses frères, fâchée qu’ils aient utilisés ses souvenirs pour faire condamner son coéquipier, et l’emmène dans la forêt des tourments où elle demande au Grand Krowkel de le sauver en échange de sa capacité à ressentir les émotions. Alors qu’ils essaient d’atteindre un portail pouvant les ramener vers la Terre-616, ils sont capturés par l’Ecorché (l’Arme III), qui souhaite se venger de Fantomex et lui arrache la peau du visage. Psylocke parvient cependant à le sauver une nouvelle fois et à mettre l’Ecorché en fuite. Après cela, ils retournent aux côtés de X-Force et du Corps des Captain Britain pour les aider à défaire les troupes de Horoam’ce. Psylocke comprend alors que l’hôte du démon-bouc de la propagation n’est autre que son frère Jamie et prend possession de son autre frère Brian pour le tuer et ainsi faire disparaître Horoam’ce et ses troupes.
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De retour sur Terre, Psylocke lui avoue ce qu’elle a sacrifié pour le sauver et passe la nuit avec lui. Au matin, elle justifie son geste et déclare avoir passé la nuit avec lui pour satisfaire sa curiosité avant de quitter X-Force. Fantomex fait de même et se rend à Paris, en France. Là-bas, il est rejoint par Mystique qui – se faisant passer pour Psylocke – s’excuse et passe la nuit avec lui. Mais Fantomex se rend vite compte de la supercherie et l’affronte avant de s’échapper. Il se rend auprès de Psylocke et la découvre brisée par le Roi d’Ombre. Il parvient à rompre sa possession par le Roi d’Ombre en lui revêtant son masque et à la déposer dans E.V.A. pour lui permettre de s’échapper tandis qu’il reste sur place pour y affronter l’Ecorché, qui lui arrache le cœur, le tuant.
Fantomex mort, E.V.A. évolue, désormais capable de passer à volonté de l’état de vaisseau à celui d’humanoïde. Après avoir vaincu la Confrérie des Mutants, elle récupère le corps de Fantomex et le place dans un caisson de clonage qui lui créé trois corps, un pour chacun de ses cerveaux : Fantomex, Lady Fantomex (Cluster) et Dark Fantomex (l’Arme XIII). Tandis que Dark Fantomex s’échappe, Fantomex et Lady Fantomex conduisent Psylocke chez eux dans les Alpes Françaises et la présentent à « Mère », mystérieusement revenue à la vie. Fantomex, Lady Fantomex et Psylocke passent les 6 mois qui suivent ensemble, Fantomex et Psylocke entamant une relation amoureuse. Durant ces 6 mois, Fantomex converti peu à peu Psylocke à sa passion, le vol. Finalement, Psylocke comprend que les aspects de la personnalité de Fantomex qui l’ont séduit se trouvent dans le cerveau de Lady Fantomex et elle entame une relation amoureuse avec elle, laissant Fantomex de côté. Pour se venger, Fantomex la piège : alors qu’elle tente de dérober une bouteille de champagne très couteuse à Paris, il prévient la police. Lorsqu’elle comprend qu’elle a été piégée, Psylocke quitte Paris pour retourner auprès des X-Men.
Mais après quelques semaines, Psylocke manque à Fantomex et Lady Fantomex qui décident de se rendre aux Etats-Unis pour la retrouver. Mais en route, Fantomex est enlevé par Dark Fantomex. Lady Fantomex trouve alors Psylocke et lui demande de l’aider à retrouver Fantomex. Malgré ses réticences, Psylocke finit par accepter. Après avoir délivré Fantomex, elle retourne après des X-Men tandis que Fantomex et Lady Fantomex décide de refusionner avec Dark Fantomex pour ne refaire qu’un.
Par la suite, il croise la Veuve Noire en Russie, alors qu’il avait été engagé pour récupérer une mallette contenant les échantillons d’A.D.N de nombreux surhommes, mais qu’il préfère finalement laisser à l’héroïne. Il reçoit bientôt une invitation de Wolverine à se joindre à l’équipe de l’école Jean Grey pour jeunes surdoués. Avec E.V.A, il décide de se joindre à la nouvelle incarnation de X-Force, dirigée par le mutant Cable (Nathan Dayspring Summers).
Fantomex possède une force supérieur à la moyenne des hommes sans pour autant atteindre des niveaux surhumains.
Fantomex est un hybride humain, mutant et sentinelle artificiellement créé. Il possède plusieurs cerveaux, ce qui lui permet de réfléchir à plusieurs choses indépendamment, du sang nano-actif et un système nerveux externe regroupé en une entité indépendante, capable de changer de forme, notamment celle d’un vaisseau, de voler, d’émettre des rafales bioélectriques et de parler : E.V.A. Fantomex est télépathiquement et symbiotiquement lié à E.V.A. ce qui fait que si E.V.A. est blessée, il ressent sa douleur. A travers ce lien, il peut aussi prendre le contrôle d’E.V.A. et voir tout ce qu’elle voit. Leurs consciences combinées leur permettent de créer des illusions convaincantes. Sa connexion avec E.V.A. lui permet de rester en lien avec ses coéquipiers, de sentir et de surveiller leurs signes vitaux, comme leur rythme cardiaque ou leur niveau d’adrénaline. E.V.A. semble également capable de se synchroniser à d’autres vaisseaux spatiaux et d’identifier leurs fonctions. Ainsi, elle a pu prévenir Fantomex du saut de matière que se préparait à faire le vaisseau céleste d’Apocalypse. C’est également un excellent traqueur, capable de pister ses cibles à partir d’un échantillon de leur ADN. Depuis qu’elle a évolué, E.V.A. peut passer de la forme d’un vaisseau à une forme humanoïde.
Fantomex peut se désynchroniser d’E.V.A pour ne plus ressentir la douleur qu’elle ressent et active alors un second système nerveux interne mais dont les fonctions sont plus limitées (il ne voit qu’en noir et blanc par exemple). Fantomex possède une agilité surhumaine et une force supérieure à la moyenne des hommes. Il peut se plonger dans un état d’hypnose légère lui permettant de récupérer lus facilement de ses blessures. Il a déjà utilisé cet état pour s’extraire une balle du corps par exemple. Son corps ne dégage aucune odeur, ce qui le rend difficile à traquer.
Fantomex a déjà démontré la possibilité de se téléporter, mais il s’agissait probablement là d’une illusion ou de l’utilisation d’une technologie de téléportation. D’après les dires de Captain Britain, il semble n’avoir aucune contrepartie dimensionnelle et être unique dans tout l’omnivers.
Fantomex est un formidable combattant au corps à corps, à l’arme blanche et aux armes à feu. Il lit le langage corporel des autres avec une précision incroyable. Il est végétarien. Il est un excellent voleur. Il est un passionné d’art et de culture française. Il possède d’ailleurs son propre musée personnel composé d’œuvres d’art qu’il a lui-même dérobées. Il parle couramment le français, l’anglais, le japonais et le russe.
Fantomex porte des armes à feu qui utilisent des balles intelligentes créées par Sir James Braddock à partir de la peau d’un autre agent du programme Arme plus : l’Arme III. Il porte également un masque doublé de plaques de céramiques pour empêcher les télépathes de lire ses pensées. Son armure contient des lunettes spéciales lui procurant une vision de nuit.
Le personnage de Fantomex est inspiré du personnage de fiction français Fantomas et du personnage de bande dessinée italienne Diabolik.