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Suite à affrontement entre le Roi d’Ombre et plusieurs mutants rassemblés sur l’île de Muir, la Présidente de la Commission des Activités Surhumaines, Valérie Cooper, proposa à plusieurs d’entre eux de reformer la Freedom Force, une équipe de mutants agissant pour le compte du gouvernement fédéral. Bien qu’ils rejetèrent le nom de Freedom Force, associé jusqu’il y a peu à la Confrère des Mauvais Mutants de Mystique, trois d’entre eux acceptèrent sa proposition : Guido Carosella (Malabar), James Madrox (l’Homme-Multiple) et Lorna Dane (Polaris). Lorsqu’un autre groupe de mutants présents sur l’île, Facteur X, abandonna leur nom pour retourner auprès des X-Men du Professeur X (Charles Xavier), Val Cooper le reprit pour son équipe. A la recherche d’un leader pour cette équipe, Cooper se rendit sur Génosha pour proposer ce poste à Alexander Summers (Havok). Comme il était accompagné de la mutante lycanthrope Rahne Sinclair (Félina), que les scientifiques génoshéèns avaient torturée et reliée émotionnellement à Havok, cette dernière rejoignit aussi le groupe.
Cependant, le Sénateur Shaffran, en réalité le mutant Ricochet capable de manipuler les esprits, voulut détruire l’équipe pour ses besoins politiques. Il s’allia donc avec Mr Sinistre, qui mit ses Mauvais Garçons, un groupe de mercenaires mutants, à son service. L’un des Mauvais Garçons était un double de Madrox ayant mal tourné. Cependant, Shaffran ignorait que Sinistre souhaitait en réalité contrecarrer ses plans d’accession à la Maison blanche et l’empêcher de blesser Havok ou Polaris, dont la survie était importante pour la suite de ses expériences eugéniques. Pour éroder l’image publique de l’équipe, ils convainquirent Vif argent de rejoindre l’équipe en lui affirmant que quelqu’un avait retourné ses pouvoirs contre lui. Le double de Madrox accusa également le vrai Madrox d’être un imposteur lors d’une conférence de presse, il l’absorba puis humilia Malabar en le poussant à détruire le Washington Monument. Sinistre trahit ensuite Shaffran et prit sa place le temps d’un débat sénatorial portant sur Facteur-X. L’Homme-Multiple original parvint cependant à refaire surface et désormais au courant des plans de Sinistre, il partit pour le Sénat, avec les Mauvais Garçons à ses trousses, pour y prévenir ses coéquipiers. Finalement, les Mauvais Garçons furent vaincus par Facteur X et la réputation de Shaffran fut définitivement ruinée.
Lorsque la nation alliée des Etats-Unis, le Trans-Sabal, fut envahie par une organisation paramilitaire, le Panthéon, et Hulk (Bruce Banner), Facteur X se rendit sur place mais comprit bientôt que le dirigeant du Trans-Sabal, Farnoq Sawalha Dahn, était un despote et ils se retournèrent contre lui aux côtés du Panthéon. De retour aux Etats-Unis, l’équipe ne put empêcher l’assassinat du Dr Tucker, qui travaillait sur une méthode pour identifier et supprimer le gène X des fœtus, par le Front de Libération Mutant. Félina en profita cependant pour détruire les résultats de recherche de Tucker avant que le gouvernement ne mette la main dessus.
Au fil des semaines, des liens étroits se tissèrent entre les membres du groupe, bien que Vif argent continuait de garder ses distances avec le reste de l’équipe. Tandis que la plupart des membres de l’équipe furent affectés à la protection du témoin Souris (Marilyn Maycroft), contre les Belles de l’Enfer et leur mentor Cyber, Madrox et Vif argent enquêtèrent sur un meurtre attribué à la mutante Rhapsody (Rachel Argosy). Madrox fut charmée par elle mais il la livra aux autorités lorsqu’il découvrit qu’elle était coupable du crime dont on l’accusait. Lorsqu’un groupe de réfugiés mutants génoshéens, connu sous le nom des X-Patriotes, arrivèrent par bateau aux Etats-Unis, le gouvernement refusa de leur donner l’asile, au motif que le gouvernement de Génosha avait changé et qu’ils ne courraient plus aucun danger. Facteur X fut dépêché sur place, arrivant à temps pour empêcher le Crapaud (Mortimer Toynbee) de les recruter dans sa Confrérie des Mauvais Mutants. Havok offrit aux réfugiés de les ramener chez eux pour leur montrer qu’ils ne courraient aucun danger et s’arrangea pour qu’ils puissent accoster à New York City et se reposer après des mois de voyage. Cependant, le X-Patriote Taylor fut agressé par une foule d’anti-mutants et passa quelques jours à l’hôpital.
Mais bientôt, le Professeur X devint la cible d’une tentative d’assassinat, apparemment perpétrée par Cable, et Facteur X aux X-Men pour partir à sa recherche. Ils capturèrent X-Force, les protégés de Cable, mais réalisèrent bien vite que le véritable auteur de la tentative d’assassinat était Stryfe, un clone de Cable et leader du FLM. Les trois équipes s’allièrent alors contre lui et le FLM, mais Stryfe parvint à libérer sur le monde le virus legacy, un virus mortel ciblant en priorité les mutants.
Peu après, les Acolytes, des fanatiques de Magnéto (Max Eisenhardt), présumé mort à l’époque, tentèrent de rallier Vif argent, son fils, à leur cause. Ils placèrent secrètement Val Cooper sous leur contrôle et sabotèrent une tentative de réconciliation entre Vif argent et son ex-femme, l’Inhumaine Crystal. De leur côté, les X-Patriotes attaquèrent l’hôpital où Taylor était soigné, mais lorsque le mercenaire mutant Random (Ewan Marshall Stone III) fut envoyé sur place, Facteur X régla la situation. Les X-Patriotes acceptèrent finalement de retourner sur Génosha accompagnés par Facteur X où l’équipe apprit la contagion d’une partie de la population par un virus (le virus legacy, qui n’était pas encore officiellement identifié). Lorsque l’un des contaminés, le muté 24601, prit la fuite, Facteur X partit à sa poursuite afin de lui éviter d’être tué par les forces génoshéennes. Retrouvant le muté 24601 inanimé, Madrox tenta de le ressusciter en demandant à l’un de ses doubles de pratiquer sur lui le bouche-à-bouche. Sa tentative réussit mais il se crut contaminé à son tour par le virus en réabsorbant son double, ce qu’il cacha à ses coéquipiers. Après le retour de l’équipe aux Etats-Unis, les Acolytes débutèrent une campagne d’attaques contre les humains. Sachant que le gouvernement dirigeait un programme de fabrication en série de Sentinelles : le projet Wideawake, ils laissèrent l’un des leurs, Spoor (Andrew Graves) se faire capturer pour pouvoir identifier la base des sentinelles en vue de leur prochaine attaque. Toujours contrôlée par les Acolytes, Cooper ordonna à Facteur X de rester en retrait lors d’un déplacement sur cette base, et n’emmena que Vif argent, espérant que les Acolytes l’écouteraient, et Random, comme garde du corps. Ignorant les ordres de Cooper, Facteur X les suivit, apprenant l’existence de la base de Sentinelles juste avant une attaque des Acolytes. Durant l’attaque, Fabian Cortez et les Acolytes tentèrent de rallier Vif argent à leur cause mais ce dernier refusa. Les Acolytes prirent alors la fuite et relâchèrent leur contrôle sur Cooper.
La révélation que Cooper connaissait l’existence du projet Wideawake mais l’avait caché à l’équipe égratigna gravement leur confiance en elle. Cooper décida donc, tout en restant officiellement leur agent de liaison, de confier cette mission au jour le jour au mutant Forge. Mais de son côté, la dépression de Jamie s’aggrava et le virus atteignit de plus en plus Jamie. Ses doubles devinrent de plus en plus incontrôlables : les doubles non infectés refusant de manière subconsciente de réintégrer le corps de Jamie. Vif argent prit ses distances avec l’équipe pour finalement les quitter et Félina s’en alla pour l’île de Muir où elle espérait que sa mère adoptive, Moira McTaggert, pourrait l’aider à rompre les changements sur elle opérés par les génoshéens, mais elle supporta mal la distance avec Havok, ce qui rendit tout traitement impossible à mener.
La mutante Malice, qui avait autrefois prit le contrôle de Polaris et qui travaillait pour M. Sinistre (Nathaniel Essex), apprit que son maître avait pour projet de lier les deux femmes de façon permanente. Voulant empêcher cela d’arriver, elle prit contrôle de Béatrice Connors, chef du top-secret Département, et chargea son subordonné, le Colonel Jefferson Malone, un mutophobe farouche, de tuer les membres de Facteur X, en commençant par Facteur X. Malone chargea Random de le faire mais ce dernier, qui avait eut un petit coup de cœur pour la jeune femme lors de leur précédente rencontre, la laissa s’échapper. Malone ordonna alors la mort de Random et envoya plusieurs agents après Polaris, mais cette dernière fut sauvée par l’énigmatique Haven (Radha Dastoor). Mais Haven était elle aussi une terroriste, prévoyant de déclencher une série de catastrophes planétaires pour éliminer 75% de la population terrestre pour provoquer un nouvel âge d’or. L’équipe fut très divisée à son sujet, mais grâce à l’aide de Random, qui recherchait leur aide contre le Département, ils l’arrêtèrent. Haven, qui tentait de convaincre Facteur X du bien fondé de son objectif, eut cependant le temps de soigner Félina de sa récente transformation. Elle ne put, en revanche, empêcher la mort de Madrox, qu’elle souhaitait pourtant soigner. Ses plans déjoués par Facteur X, elle prit la fuite.
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Ce que Facteur X ignorait, c’est que Madrox était sain et sauf et que c’était un de ses doubles, qui avait gardé en lui le virus, qui était décédé. Le véritable Madrox, resté à Washington, sombra dans une amnésie provoquée par la mort de son double. Havok, traumatisé par la mort de Madrox, quitta l’équipe. Lorsque Forge proposa à Random de rejoindre l’équipe, ce dernier refusa, mais il conduisit l’équipe auprès de Malone. Cependant, ce dernier se suicida avant que l’équipe ne l’arrête. Ignorant l’implication de Malice, Polaris accepta le désaveu de Malone par Connors. Les membres de l‘équipe prirent alors quelques vacances et Polaris suivit Havok sur Hawaii. Cependant, Malice la devança et prit le contrôle de Havok. Polaris appela son équipe à la rescousse mais Malice la vainquit avant leur arrivée. M. Sinistre, qui surveillait les événements, intervint alors et sauva la vie de Polaris, préférant détruire Malice que de mettre ses projets pour Havok et Polaris à l’eau. Sinistre ordonna à Malice de quitter le corps de Havok mais lui et Polaris, voulant chacun protéger l’autre de l’entité, tentèrent de forcer Malice à réintégrer leur corps, finissant par finalement la déchirer entre leur deux corps et provoquer sa disparition.
Après le retour de Havok, Facteur X fut confrontée, aux côtés des X-Men, d’Excalibur et de X-Force, à la Phalange. Ils partirent ensuite pour Israël, à la poursuite de la terroriste mutante Mystique (Raven Darkhölme) qui prévoyait de tuer le fils de Charles Xavier, Légion (David Haller), responsable de la mort de son amante, Destinée (Irène Adler). Mais une fois arrivés dans la chambre de Légion, dans le coma depuis l’attaque de Muir par le Roi d’Ombre, celui-ci se réveilla et les téléporta sur l’île de Madripoor pour qu’ils n’interfèrent pas dans ses propres plans : tuer l’ennemi de son père, Magnéto. Cependant, les plans du jeune homme conduisirent à la création d’une ligne temporelle divergente : la Terre-295 « l’Age d’Apocalypse ». Plusieurs réfugiés de cette dimension s’échappèrent vers la Terre-616.
De leurs côtés, les membres de Facteur X se retrouvèrent au beau milieu d’une confrontation entre l’ancien employeur de Malabar, Lila Cheney, et les aliens K’lanti, à la recherche d’un Harmonium qu’elle avait dérobé et qui menaçaient de détruire Madripoor si elle ne le leur rendait pas. Cependant, l’Harmonium lui avait été dérobé entre temps et les membres de Facteur X durent l’aider à le retrouver. Une fois l’Harmonium retrouvé, les K’lanti voulurent quand même tuer Cheney et laissèrent une bombe sur l’île après leur départ. Guido sauva l’île en se jetant sur la bombe et en absorbant l’énergie libérée mais il fut alors victime d’une violente attaque cardiaque et tomba dans le coma.
Félina quitta alors l’équipe pour l’île de Muir où Moira McTaggert fut diagnostiquée comme étant la première humaine infectée par le virus legacy. A Washington, des agents du gouvernement localisèrent Jamie et l’arrêtèrent, officiellement pour l’aider à retrouver sa mémoire, mais en réalité pour en faire un agent secret.
Le cyborg mutophobe Bastion convainquit bientôt plusieurs éléments du gouvernement de lancer son projet Opération : Tolérance Zéro, un projet utilisant des sentinelles pour traquer les mutants. Il changea ainsi plusieurs mutants en limiers destinés à chasser et capturer d’autres mutants. Il aida également le bigot anti-mutants Graydon Creed (fils humain des terroristes mutants Mystique et Dents de Sabre (Victor Creed)) à gagner de l’influence politique jusqu’à ce qu’il devienne candidat à la présidence. Cependant, Bastion prévoyait secrètement son assassinat pour en faire un martyr de sa cause. Apprenant ces plans, Mystique s’arrangea pour être assignée à l’équipe Facteur X. Bastion envoya le Limier après elle mais la nature des pouvoirs de Mystique le déstabilisa et il prit la fuite. Facteur X l’appréhenda alors mais Havok perdit le contrôle de ses pouvoirs et son équipe dut le conduire dans un complexe médical post-humain du Département H canadien. Pendant qu’il était inconscient, il fut enlevé par un agent du Confiseur (un réfugié de la Terre-295), Scarlett McKenzie, qui le conduisit auprès de son chef sur Génosha. En route pour Génosha, Havok se réveilla et fit se poser l’avion de McKenzie à Tokyo. Facteur X s’y rendit peu après, avec les mutants Mystique et Wild Child (Kyle Gibney) dans leurs rangs. Malgré l’interférence des Yakuza et de Fatale, un agent de Dark Beast, un autre réfugié de la Terre-295 et rival du Confiseur, ils récupérèrent Havok.
Après l’intégration de Wild Child dans l’équipe, ils installèrent leur nouveau quartier général en Virginie. A la requête de l’X-Man Lucas Bishop, Forge répara pour lui un projecteur d’hologrammes contenant l’essence de sa sœur, Shard Bishop. Shard réparée, elle sympathisa avec Wild Child.
Voulant récupérer Havok pour ses expériences, Dark Beast chargea Random de le capturer, lui promettant en échange de trouver un moyen de fixer la structure protoplasmique instable de son corps. Laissant une lettre faisant croire au départ volontaire de Havok, Random le captura et le livra à son employeur.
Après avoir affronté l’Adversaire, un ennemi de Forge, l’équipe se vit assigner un nouveau membre : Dents de Sabre, l’un des limiers de l’OTZ de Bastion, par le chef de Cooper, Virgil Ellison. Cooper et l’équipe s’opposèrent à ce transfert mais en vain. L’équipe vainquit bientôt le Limier lancé à la poursuite de Mystique et découvrirent qu’il était envoyé par le gouvernement. Ce dernier déroba le projecteur holographique contenant Shard, le livrant à la Zone 51 pour y être étudié. Wild Child, Bishop et Tornade (Ororo Munroe) partirent cependant à sa rescousse et bien que le projecteur fut détruit, Shard survécut sous la forme d’une forme de vie à base de photons. Après avoir lobotomisé Havok pour qu’il le serve, Dark Beast envoya Random espionner Facteur X. Cependant, lorsque Dark Beast fut attaqué par l’entité psychique Onslaught, il sauva sa vie en lui proposant de récupérer une Sentinelle que l’entité désirait, à Fall’s Edge en Virginie. Dark Beast tenta aussi de rallier Dents de Sabre et Mystique à sa cause en désactivant les dispositifs permettant au gouvernement de les contrôler mais ils refusèrent son offre. Traquant la sentinelle, Facteur X découvrit le sort de Havok et la trahison de Random et vainquirent Dark Beast et Fatale. Cependant, Havok s’échappa et décida d’aider les mutants de manière plus pro active en fondant la Confrérie. A la tête de la Confrérie, il libéra Madrox qui voulut le rejoindre. Mais Facteur X fut bientôt envoyé à leur poursuite mais ils préférèrent les cacher au gouvernement.
L’assassinat de Graydon Creed approchant, Mystique s’échappa durant la traque de Madrox. Pensant que Mystique voulait assassiner elle-même son fils, Facteur X fut chargé de le protéger et la captura avec son allié Pyro (St John Allerdyce).
Se sachant manipulés par le gouvernement, les membres de Facteur X démissionnèrent et feignirent leur propre mort. Ils firent croire à une contamination de leur base afin qu’elle soit placée en quarantaine et ainsi être tranquilles. Cooper, qui connaissait la vérité, apprit à Forge que Malabar était sorti du coma et que Madrox prévoyait de l’aider à s’échapper. L’équipe intervint et secouru les deux mutants avant qu’ils ne soient appréhendés et Forge fournit à Guido un dispositif pour soigner ses problèmes de cœur. Au lancement de l’Opération : Tolérance Zéro, Dents de Sabre attaqua l’équipe et les laissa pour mort avant de partir chasser d’autres mutants. Cooper les retrouva trop tard pour les informer du lancement de l’opération mais assez tôt pour les conduire à l’hôpital, sauvant leur vie. Apprenant ensuite que Bastion allait procéder à leur arrestation, Cooper contacta Havok pour qu’il évacue ses coéquipiers. L’OTZ fut finalement démantelée par le S.H.I.E.L.D.
Après avoir finalement mit fin à la Confrérie, Havok contacta Madrox et Polaris pour les convaincre de reformer l’équipe aux côtés de Fixx et Greystone, deux réfugiés de la Terre-1191, d’où Shard et Bishop était originaires. Cependant, au cours de leur première mission, Greystone attaqua Madrox et tenta de retourner dans sa réalité grâce à une machine qu’il avait mis au point. Réalisant que le dispositif de Greystone était sur le point d’exploser, Havok tenta de le désactiver mais il fut pris dans l’explosion et transporté sur la Terre-1298. Greystone, quant à lui, ne survécut pas à l’explosion. Ses coéquipiers crurent Havok mort et mirent fin à Facteur X.
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Des années après, l’Homme-Multiple formera une agence de détective qu’il baptisera « Facteur X Investigations », en référence à l’équipe dont avait il fait partie et qui rassemblera, entre autres, Félina et Malabar.